Cuando sus parientes por fin se dieron cuenta de la firmeza de Margarita, la enviaron a la casa de unos de sus tíos que tenían una hija religiosa de la Orden de las Ursulinas. Pero Margarita no sentía que era ahí donde el Señor la quería y además sentía en su corazón una voz que le decía, "No es ahí donde te quiero, sino en Santa María." Una vez, viendo ella un cuadro de San Francisco de Sales, le pareció que le dirigía una mirada tan paternalmente amorosa, llamándola a ser su hija. Sintió que debía ella ser de la orden que este santo había fundado junto con Santa Juana de Chantal: las Visitandinas. Además, sentía mucha atracción hacia esta orden porque llevaba el nombre de María Santísima: Las Visitantinas, en honor al misterio de la Visitación.
Después de muchas dificultades en convencer a sus parientes de que ella quería entrar en el convento de la Visitación, por fin logró Margarita lo que tanto deseaba, y eligió a Paray. En cuanto entró al locutorio del convento de Paray, oyó en su corazón un voz: "Aquí es donde te quiero." Su hermano le regaló la dote y Margarita ingresó en el Convento de la Visitación de Paray-le-Monial el 20 de junio de 1671.
Transcurridos dos meses de postulantado, tomó el santo hábito el 25 de agosto de 1671. Dijo entonces: "Mi divino Maestro me dio a entender que estábamos en días de nuestros desposorios, los cuales le daban un nuevo imperio sobre mí; en seguida me dio a conocer que, a imitación de los amantes apasionados, no me daría a gustar, durante este tiempo, sino lo que había de más dulce en la suavidad de las caricias de su amor".
La joven novicia se mostró humilde, obediente, sencilla y franca en el noviciado. Según el testimonio de una de sus connovicias, edificó a toda la comunidad "por su caridad para con sus hermanas, a las que jamás dijo una sola palabra que pudiese molestarles, y por la paciencia con que soportó las duras reprimendas y humillaciones a las que fue sometida con frecuencia". En efecto, el noviciado de la santa no fue fácil. Por ejemplo, por más que le pidiese su superiora, le era imposible a Margarita practicar la meditación discursiva. Ella cuenta, "Por más esfuerzos que hacía yo por practicar el método que me enseñaban, acababa siempre por volver al método de mi Divino Maestro, aunque no quisiese." Este le causaba mucho dolor ya que su mayor deseo era de obedecer a su Superiora.
También hubo otra situación que fue causa de gran abnegación para Margarita. Se trata de una natural repugnancia que tenía toda la familia de Margarita hacia el queso. Era tanta la aversión que tenían al queso, que el hermano de Margarita pidió expresamente a las hermanas que no le obligasen a Margarita jamás el tener que comerlo. Pero ya en el convento, se dio todo lo opuesto. Margarita, por obediencia tenía que comer queso. Al principio no podía por las náuseas que le daban y salía corriendo. Pero le suplicaba a su Señor que le ayudase ya que ella no quería ser diferente de las demás en nada. Con gran esfuerzo de su parte, Margarita logró comer queso. Cosa que ofreció como sacrificio por más de diez años.
Otra dificultad para Margarita fue el hecho de su propia vida tan sobrenatural. Pues sus superiores le indicaban que esas formas de espiritualidad no iban con el espíritu de la Visitación. Miraban con recelo sus experiencias como sujetas a la ilusión y al engaño. Y así dudaban sus superioras el permitir que Margarita hiciese sus votos de profesión y le mandaron que le pidiese al Señor que la hiciese útil a la santa religión por la práctica exacta de todas las observancias. Esto Margarita lo llevó al Señor y él le respondió:
"Di a tu Superiora que te haré más útil a la religión de lo que ella piensa; pero de una manera que aún no es conocida sino por Mi. Y en adelante adaptaré mis gracias al espíritu de la regla, a la voluntad de tus superioras y a tu debilidad, de suerte que has de tener por sospechoso cuanto te separe de la práctica exacta de la regla, la cual quiero que prefieras a todo. Además, me contento de que antepongas a la mía, la voluntad de tus superiores, cuando te prohíben ejecutar lo que te hubiere mandado. Déjales hacer cuanto quisieren de ti: Yo sabré hallar el medio de cumplir mis designios, aun por vías que parezcan opuestas y contrarias. No me reservo sino el dirigir tu interior y especialmente tu corazón, pues habiendo establecido en él, el imperio de mi puro amor, jamás le cederé a ningún otro."
El Señor no enseñó que la voluntad divina se pueda relegar a favor de la autoridad humana. Mas bien el Señor enseñó a Margarita que la obediencia a sus superioras es, en efecto, el medio más seguro para acatar Su divina voluntad. Ya que aun siendo sus superioras limitadas, la obediencia lograría que la voluntad divina triunfe a pesar de todo. El Señor promete que si ella obedece a sus superioras... "yo sabré hallar el medio de cumplir mis designios".
La Madre Superiora quedó contenta con la respuesta del Señor recibida por Margarita y a esta se le abren las puertas para hacer su voto de profesión el 6 de noviembre, de 1672. El Señor por su parte cumplió plenamente su promesa, pues Él se encargó de trabajar fuertemente en purificar y transformar su corazón en un corazón semejante al suyo.
El sacerdote al celebrar su profesión dijo: "Jesucristo te iluminará. Ve delante por las sendas del justo, como la aurora resplandeciente...!"
Escribió Santa Margarita ese día por la tarde: "Yo vil y miserable criatura, prometo a mi Dios someterme y sacrificarme a todo lo que pida de mí; inmolando mi corazón al cumplimiento de todo lo que sea de su agrado, sin reserva de otro interés más que de su mayor Gloria y puro amor, al cual consagro y entrego todo mi ser y todos mis momentos.