Nació en Florencia, Italia, en el año 1556. Perteneció a la familia de los Pazzi, familia que dio a la nación famosos políticos y militares y a la Iglesia Católica una de sus más grandes santas.
Mostró desde muy niña inclinación por la vida religiosa por lo que ingresó al convento de las Carmelitas. Hizo sus tres votos o juramentos de pobreza, castidad y obediencia antes que las demás novicias, porque le llegó una grave enfermedad que la llevó casi a la muerte.
Cuando la transportaban a la enfermería después de hacer sus tres votos, Magdalena tuvo su primer éxtasis que le duró más de una hora. Su rostro apareció ardiente, y deshecha en lágrimas sollozaba y repetía: "Oh amor de Dios que no eres conocido ni amado: ¡cuán ofendido estás!". En los siguientes cuarenta días tuvo inmensas consolaciones espirituales y recibió gracias extraordinarias.
Desde entonces fue creciendo sin cesar su deseo de sufrir por Cristo y por la conversión de los pecadores. A una religiosa que le preguntaba cómo podía soportar sus dolores sin proferir ni una sola palabra de impaciencia, le respondió: "Pensando y meditando en los sufrimientos que Jesucristo padeció en su santísima Pasión y muerte. Quien mira las heridas de Jesús crucificado y medita en sus dolores, adquiere un gran valor para sufrir sin impacientarse y todo por amor a Dios".
En medio de su éxtasis, abrazando su crucifijo, con rostro brillante exclamaba: "Oh Jesús mío, concédeme palabras eficaces para convencer al mundo de que tu amor es grande y verdadero y que nuestro egoísmo es engañoso y tramposo".
Le aparecieron en las manos y en los pies, los estigmas o heridas de Cristo Crucificado. Le producían dolores muy intensos, pero ella se entusiasmaba al poder sufrir más y más por hacer que Cristo fuera más amado y más obedecido y por obtener que más almas se salvarán.
Tres religiosas, encargadas por el director espiritual, escribían lo que la santa iba diciendo, especialmente durante sus éxtasis. Estas revelaciones se publicaron en un libro titulado "Contemplaciones", el cual llegó a ser un verdadero tratado de teología mística.
Además de los dolores físicos le llegó lo que los santos llaman "La noche oscura del alma". Una cantidad impresionante de tentaciones impuras, sentimientos de tristeza y desgano espiritual, falta de confianza y de alegría. Sufría de violentos dolores de cabeza y se paralizaba frecuentemente. La piel se le volvía tan sensible que el más leve contacto le producía una verdadera tortura.
El 25 de mayo del año 1607, al morir quedó bella y sonrosada. Tenía apenas 41 años. Su cuerpo se conserva todavía incorrupto en el convento carmelita de Florencia donde vivió.