Santa Margarita María nació el 25 de julio de 1647, en Janots, Borgoña. Fue la quinta de 7 hijos de un notario acomodado. A los cuatro años Margarita hizo una promesa al Señor. Sintiéndose inspirada rezó: "Oh Dios Mío, os consagro mi pureza y hago voto de perpetua castidad." Aunque ella misma confesó más tarde que no entendía lo que significaba las palabras "voto" o "castidad." Cuando tenía 8 años, murió su padre. Ingresaron a la niña en la escuela de las Clarisas Pobres de Charolles. Desde el primer momento, se sintió atraída por la vida de las religiosas en quienes la piedad de Margarita produjo tan buena impresión, que le permitieron hacer la Primera Comunión a los 9 años, lo cual no se acostumbraba en aquella época. Dos años después, Margarita contrajo una dolorosa enfermedad reumática que la obligó a guardar cama hasta los 15 años. Por este motivo tuvo que regresar a su casa.