Margarita recibió del Señor tres armas necesarias en la lucha que debía emprender para lograr la purificación y transformación.
La primera arma: Una conciencia delicada
Una vez le dijo el Señor cuando había Margarita cometido una falta:
"Sabed que soy un Maestro santo, y enseño la santidad. Soy puro, y no puedo sufrir la más pequeña mancha. Por lo tanto, es preciso que andes en mi presencia con simplicidad de corazón en intención recta y pura. Pues no puedo sufrir el menor desvío, y te daré a conocer que si el exceso de mi amor me ha movido a ser tu Maestro para enseñarte y formarte en mi manera y según mis designios, no puedo soportar las almas tibias y cobardes, y que si soy manso para sufrir tus flaquezas, no seré menos severo y exacto en corregir tus infidelidades."
Y así confiesa Margarita que nada era más doloroso para ella que ver a Jesús incomodado contra ella, aunque fuese de forma muy poca. Y en comparación a este dolor, nada le parecía los demás dolores, correcciones y mortificaciones y por tanto, acudía inmediatamente a pedir penitencia a su superiora cuando cometía una falta, pues sabía que Jesús solo se contentaba con las penitencias impuestas por la obediencia. Esta arma se fundamenta en su gran deseo de amar.
La segunda arma: La santa obediencia
Lo que más severamente le reprendía Jesús a Margarita eran sus faltas en la obediencia, ya sea a sus superiores o a su regla. La menor réplica a los superiores con señales de incomodidad o repugnancia le es insoportable al Señor en un alma religiosa. Una vez corrigiéndola le decía:
"Te engañas creyendo que puedes agradarme con esa clase de acciones y mortificaciones en las cuales la voluntad propia, hecha ya su elección, más bien que someterse, consigue doblegar la voluntad de las superioras. ¡Oh! yo rechazo todo eso como fruto corrompido por el propio querer, el cual en un alma religiosa me causa horror, y me gustaría más verla gozando de todas sus pequeñas comodidades por obediencia, que martirizándose con austeridades y ayunos por voluntad propia."
La tercera arma: Su Santa Cruz
La Cruz es el más precioso de todos sus regalos. Un día después que ella recibió la comunión, se hizo presente ante los ojos de ella una gran cruz, cuya extremidad no podía ver; estaba la cruz toda cubierta de flores. Y el Señor le dijo:
"He ahí el lecho de mis castas esposas, donde te haré gustar las delicias de mi amor; poco a poco irán cayendo esas flores, y solo te quedarán las espinas, ocultas ahora a causa de tu flaqueza, las cuales te harán sentir tan vivamente sus punzadas, que tendrás necesidad de toda la fuerza de mi amor para soportar el sufrimiento."
Era de esta forma intensa y purificadora que el Señor obraba sus designios en el corazón de Margarita. El, para desatar cada vez más de su alma el afecto a las cosas de esta tierra y sobre todo a sí misma, quiso permitir que viniesen sobre ella continuas humillaciones y desprecios. Pero no dejaba por ello el Señor de suplirle todas la gracias necesarias.
En otra ocasión le dijo el Señor: "Has de querer como si no quisieras, debiendo ser tus delicias agradarme a mí. No debes buscar nada fuera de mí pues de lo contrario injuriarías a mi poder y me ofenderías gravemente, ya que yo quiero ser solo todo para ti."
Al día siguiente de su profesión destinaron a Margarita a la enfermería, como auxiliar de la enfermera, Sor Catalina Marest, excelente religiosa, aunque de temperamento activo, diligente y eficiente. Margarita en cambio era callada, lenta y juiciosa. Recordándose ella después de su paso por la enfermería, escribía: "Solo Dios sabe lo que tuve que sufrir allí." Y no eran exageradas sus palabras pues había recibido un sin número de insultos y desengaños durante ese tiempo.
Jesús le comunicó una parte de sus terribles angustias en Getsemaní y la quiere víctima inmolada. Ella le dice a Jesús: "Nada quiero sino tu Amor y tu Cruz, y esto me basta para ser Buena Religiosa, que es lo que deseo."