San Dionisio, obispo de Alejandría, fue testigo de la muerte de Apolonia quien era para entonces una diaconisa de edad avanzada. La describió en una carta a Fabio que fue preservada por Eusebio, obispo de Antioquía.
Estalló una persecución de los cristianos por el populacho pagano de Alejandría en el último año del reino del emperador Felipe. Los cristianos eran arrastrados fuera de sus casas y asesinados, sus propiedades saqueadas. La persecución comenzó cuando un poeta de Alejandría profetizó desastre por la presencia de los cristianos a los que consideraba impíos por no adorar a los dioses.
La primera víctima fue un anciano venerable llamado Metras o Metrius, a quien trataron de obligar a proferir blasfemias contra Dios. Cuando se negó, lo azotaron, le clavaron astillas de caña en los ojos, y lo mataron a pedradas.
La siguiente persona que aprehendieron fue a una mujer cristiana, llamada Quinta, a quien llevaron a uno de sus templos para forzarla a adorar al ídolo. Ella se dirigió al falso dios con palabras de desprecio que exasperaron tanto al pueblo que la arrastraron por los talones por encima del empedrado, la azotaron y le dieron muerte a pedradas. Por esos días, los alborotadores habían llegado al colmo de su furor. Los cristianos no ofrecían resistencia, sino que se daban a la fuga, abandonando todas sus pertenencias, sin quejarse, porque sus corazones estaban despegados de la tierra. Su constancia era tan general, que San Dionisio no supo de ninguno que hubiera renunciado a Cristo.
Se apoderaron de Apolonia y la golpearon en la cara, le tiraron todos los dientes, y después, prendiendo una gran hoguera fuera de la ciudad, la amenazaron con arrojarla dentro si no pronunciaba ciertas palabras impías. Les rogó que le dieran unos momentos de tregua, como si fuera a considerar su posición. Entonces, para dar testimonio de que su sacrificio era perfectamente voluntario, tan pronto como la dejaron libre, se lanzó dentro de las llamas.
Luego descargaron su furia sobre un santo hombre llamado Serapión y lo atormentaron en su propia casa; después lo tiraron de cabeza desde la azotea.
En la mayoría de las regiones de la Iglesia occidental se encuentran iglesias y altares dedicados en honor de Santa Apolonia, pero no se la venera en ninguna iglesia oriental, aun cuando sufrió en Alejandría.
San Agustín explica por qué razón anticipó su muerte. El santo supone que obró por una dirección particular del Espíritu Santo, porque de otra manera no sería lícito hacerlo; nadie puede apresurar su propio fin.
Se la invoca contra el dolor de muelas y todas las enfermedades dentales, y se la presenta con un par de pinzas que sostienen un diente o si no, suele distinguirse por un diente de oro pendiente de su collar.