Después de la aparición, Margarita sintiéndose que estaba ella fuera de sí, y no sabiendo donde estaba, le faltaron las fuerzas y cayó desmayada. Sus hermanas, viéndola en tal aspecto, la levantaron y la cargaron donde la Madre Superiora. Ella viendo que Margarita no podía hablar, ni aun sostenerse, arrodillada ante sus pies, la mortificó y la humilló con todas sus fuerzas. Y cuando Margarita le respondió a su pregunta de lo sucedido, contándole todo cuanto había pasado, recargó sobre ella nuevas humillaciones y no le concedió nada de cuanto decía que el Señor le mandaba hacer, más bien lo acogió con despreció.
El fuego que devoraba a Margarita por dentro a causa de las revelaciones, le ocasionó una fiebre continua. Ante esta misteriosa enfermedad, la Madre Superiora no podía sino sentir miedo y por tanto le dijo a Margarita: "Pida a Dios su curación, de esta forma sabré si todo viene del Espíritu del Señor."
Margarita, obedeciendo a esta orden, le expuso todo cuanto le pedía su Superiora al Señor, el cual no tardó en recobrarle por completo su salud por las manos de la Virgen Santísima. Y así consiguió Margarita el poder cumplir lo que Dios le pedía.
Pero viendo la Madre Superiora que continuaban las visiones, y no sabiendo que más hacer para asegurarse de su veracidad, decide consultar a los teólogos. Ella creyó que debía obligarla a romper el profundo silencio que hasta entonces había observado, con el fin de hablar del asunto con personas de doctrina. Compareció pues Margarita ante estos personajes, y haciéndose gran violencia para sobrepasar su extremada timidez, les contó todo lo sucedido. Más Dios permitió que algunos de los consultados no conocieran la verdad de las revelaciones. Condenaron el gran atractivo que tenía Margarita por la oración y la tildaron de visionaria, prohibiéndole detenerse en sus inspiraciones. Hasta uno de ellos llegó a aconsejar: "procuren que esta hija se alimente bastante y todo irá mejor."
"Se me empezó a decir," cuenta Margarita, "que el diablo era el autor de cuanto sucedía en mí, y que me perdería si no ponía muy en guardia en contra de sus engaños e ilusiones."
Para Margarita esto fue motivo de gran sufrimiento. No por razón del rechazo o porque pensaban mal de ella, sino por el conflicto interno que le causaba. Llegó a pensar que ella estaba en el error pero por más que trataba de resistir las atracciones de Dios no lo lograba. Se sentía profundamente abandonada, puesto que se le aseguraba que no la guiaba el Espíritu de Dios, y sin embargo, no lo podía resistir.
Cada vez era mayor la oposición aun dentro del convento contra Margarita. Había significativos movimientos de cabeza, miradas reprobatorias y muecas. Algunas pensaban que una visionaria venía a ser como la personificación de todo un escuadrón de demonios, un peligro evidente y una gran amenaza para todas. Llegó hasta tal punto que las hermanas empezaban a rociarla con agua bendita cuando pasaba.