Los hermanos de Estanislao por orden de nacimiento eran Pablo, Adalberto, Nicolas, Ana y una ultima hermana de la que no se conoce el nombre. La mayor parte de los sucesos ocurridos en su infancia se conocen gracias a las declaraciones de su hermano Pablo.
Sus padres-según Pablo- querían que fuesen paladines de la religión católica y los instruyeron con cierto rigor en la fe y los dogmas católicos. Los incitaban a la piedad, modestia y templanza con su propio ejemplo.
Estos conceptos fundamentales calaron de modo tan especial en Estanislao, que desde el principio mostró una gran sensibilidad, hasta el punto-según los testimonios de sus padres-que estos en las fiestas celebradas en su castillo tenían que advertir a los invitados de no realizar bromas o comentarios subidos de tono delante de su hijo, pues en mas de una ocasión le provocaron un “desmayo”.
La educacion primaria la recibió en casa, como se acostumbraba en las grandes familias. Juan Bilinski, joven de buena familia y talento, (se graduó como doctor y llego a ser canónigo de Plock), fue el instructor de los chicos.
El día 24 de julio de 1564 (1) Estanislao y su hermano Pablo se trasladaron al Colegio Imperial en Viena junto con Juan Bilinski y se hospedaron en el internado, contiguo al colegio.
Ese año fue decisivo para Estanislao; su natural inclinación al recogimiento y a la piedad se incrementaron, añadió una serie de practicas penitenciales corporales, propias de la época en las ordenes religiosas. El hijo de Fernando I, Maximiliano II subió al trono polaco, de ciertas simpatías hacia las ideas protestantes y el poco afecto a los jesuitas le llevo a clausurar el internado en 1565.
Los jesuitas seguirían con el colegio, pero los alumnos deberían buscar donde alojarse.
Pablo vio la oportunidad de liberarse del ambiente jesuita y junto con otros compañeros alquilaron varias habitaciones en un palacio en el que vivía un integro luterano; el senador Kimberker.
No tardaron en comenzar los enfrentamientos entre Estanislao, que seguía fiel a su disciplina intelectual y religiosa, y el grupo de Pablo; empezaba el calvario para el joven Estanislao.
En un principio trataron de disuadirlo de su conducta con palabras, pero poco a poco llegaron a las agresiones físicas, incluso los compañeros de Pablo llegaron a declarar muy arrepentidos en el proceso de beatificación que llegaron a darle patadas.
En diciembre de 1565 Estanislao cae gravemente enfermo de altísimas fiebres. Las causas se atribuyeron a sus excesos de ascetismo, los malos tratos continuos que recibía y una constitución delicada.
El senador Kimberker se opuso a que un sacerdote católico profanase su casa con el viático y Estanislao desesperado recurre a Santa Bárbara (patrona de la buena muerte).Según el relato de San Estanislao, la Santa lo visitó en compañía de dos ángeles, recibiendo el Viático de manos de la mismísima Santa.
Una noche en que se encontraba algo mejor vio entrar a la Virgen María con el niño Jesús, al que deposita amorosamente en los brazos de Estanislao. La Virgen le dice “Ya estas completamente sano… nuestra voluntad es que entres cuanto antes en la Compañía de mi hijo Jesús”. Al amanecer, el criado Bilinski y mas tarde los médicos, comprobaron que el peligro de muerte había desaparecido. La convicción de que la Virgen María le había pedido que ingresara en la Compañía de Jesús marcaba su futuro.
Tras comunicárselo a su confesor espiritual y este al provincial, el padre Lorenzo Maggio, persuadido del catolicismo de los Kostka no dudaba en que el padre daría su consentimiento, requisito indispensable para entrar en la orden. Pero el padre, Juan Kostka, no dio su consentimiento.
El futuro de los hijos de los nobles pasaba por dignidades civiles, políticas o altos cargos eclesiásticos y lo que deseaba Estanislao estaba fuera de lugar por completo. Estanislao hizo voto ante La Virgen de entrar en la Compañía, su hermano Pablo montó en cólera al conocer su decisión y a Estanislao ya solo le quedaba una cosa por hacer; huir.
La partida de Estanislao tuvo lugar el 10 de agosto de 1567, festividad de San Lorenzo Mártir. Estanislao se desprendió de sus ropas y se vistió como un peregrino, partiendo hacia Augsburgo, donde debería encontrarse con el provincial de los jesuitas alemanes: San Pedro Canisio. Esto le fue aconsejado por un jesuita portugués: Francisco Antonio, quien le entregó a Estanislao una carta de presentación para San Francisco de Borja. Enterado su hermano de la huida de Estanislao trata de alcanzarlo camino de Augsburgo, pero un prodigio divino hace que pase a su lado sin reconocerlo, aunque Estanislao si que lo reconoce.
Al llegar a Augsburgo, Pedro Canisio no se encontraba allí, así que siguió su camino hasta la bávara Dilinga para encontrarse con él. Una vez allí, Pedro Canisio opta por una decisión intermedia que llamo “tiempo de prueba”. En el colegio de Dilinga se incorporo como criado; limpiar los cuartos del internado y ayudar en la cocina fueron sus funciones. Por fin es enviado a Roma para que ingrese allí (un modo de evitar la persecución de la familia de Estanislao).
Llega a Roma el 25 de octubre y le entrega la carta de presentación a San Francisco de Borja, general de la Orden. Fue admitido en el noviciado situado cerca de la iglesia de San Andrés del Quirinal el 28 de octubre.
De los 40 novicios que formaban el noviciado, cuatro eran polacos como nuestro Estanislao. En cuanto llego a los oídos de Juan Kostka el ingreso de su hijo en el noviciado, removió cielo y tierra para impedir que emitiera los votos, envió cartas recriminatorias y amenazas a su hijo, trató de buscar influencias que detuviesen el proceso, pero todo fue inútil cuando en los primeros meses de 1568 Estanislao emite los primeros votos.
Hay una gran cantidad de testimonios sobre la bondad, atractivo y “encendido amor” de Estanislao hacia Dios y la Virgen. También se le adjudican una serie de visiones y queda constancia de su obsesión con la muerte como encuentro final con Dios.
El 1 de agosto de ese año, festividad por aquel entonces de la Virgen de los Ángeles, Pedro Canisio tuvo una charla con los novicios. Una de las tesis era la de vivir al día y en concreto cada mes como si fuera el ultimo de la vida. Estanislao les comentó a sus compañeros a propósito de esa tesis “Para todos esta charla es una exhortación de advertencia, pero para mi es la voz de Dios. Voy a morir este mes”.
El día 10 escribe una carta a La Virgen que oculta en el pecho, al comulgar el día de San Lorenzo, le pide al santo que el día 15 termine su vida. Cae enfermo ese mismo día, siendo trasladado a la enfermería con una altísima fiebre. El día 14 sufre un desmayo y continua con nauseas, sudor y una hemoptisis. A la medianoche recibe tumbado en el suelo por deseo propio la unción de los enfermos, una luz ilumina su rostro, se pone a rezar mientras con la mirada recorre a los presentes.
El padre Ruiz, maestro de novicios en la casa profesa se le acerca pensando que Estanislao desea algo, este le relata su visión: la Virgen acompañada de un coro de vírgenes viene para llevárselo al cielo en el día de la Asunción. Fallece a las tres y cuarto de la madrugada del día de la Asunción con un rosario en la mano y en la otra una vela encendida, símbolo del amor a la Virgen y de su fe.
Una vez muerto su popularidad en Roma fue en aumento, se le quería por su afabilidad. Por parte de la Orden se actuó de modo no habitual como fue el cubrir con flores el cadáver y por expreso mandato del general, el depositar su cuerpo en un ataúd de madera.
De modo espontáneo se propagó su culto y los relatos, elogiando sus virtudes. Pablo Kostka llega a Roma ignorante de la muerte de su hermano, para una vez más tratar de disuadirlo. Al enterarse de lo sucedido y contemplar los funerales y la veneración multitudinaria se conmueve interiormente y comienza su conversión.
Dos años después de su muerte al abrir la tumba para extraer algunas reliquias su cuerpo se encontraba incorrupto. En 1571 al abrir de nuevo su sepulcro ya solo quedaban huesos.
En los años sucesivos la devoción va en aumento porque los milagros obrados por el santo comienzan a proliferar.
La reacción de la Iglesia tardó un poco en llegar, pero ya en 1605 el papa Pablo V concedió la veneración publica y se colgó un cuadro suyo en la iglesia de San Andrés, en Roma. En 1670 Clemente X dió el visto bueno al texto de la misa y el oficio del breviario de los santos, siendo incluido el 13 de noviembre, quedaba de esta forma beatificado. El mismo papa lo incluye entre los patronos del reino de Polonia y del principado de Lituania. En 1714 Clemente XI permite que comience el proceso de canonización que se llevara a cabo junto al de San Luís Gonzaga. Finalmente es canonizado el último día del año de 1726 por el papa Benedicto XIII.
Los restos más importantes del santo se encuentran en tres lugares: en la iglesia de San Andrés del Quirinal en Roma (la mayor parte del cuerpo); en el noviciado de los jesuitas en Neuhasen-Filtern (Alemania) y en el noviciado de los jesuitas en Starawies (Polonia).
Los santuarios en su honor proliferaron en Polonia, se construyeron 53 iglesias en su país y 13 en el extranjero; de ellas destaca por su belleza la de Nueva York. La habitación en la que se alojo en el palacio del senador Kimberker se convirtió en una capilla barroca.