La familia Borja, era una de las más célebres del reino de Aragón, España. Alcanzó fama mundial cuando Alfonso Borja fue elegido Papa con el nombre de Calixto III. A fines del mismo siglo, hubo otro Papa Borja, Alejandro VI, quien tenía cuatro hijos cuando fue elevado al Pontificado. Para dotar a su hijo Pedro, compró el ducado de Gandía, (en Valencia, España). Pedro, a su vez lo legó a su hijo Juan, quien fue asesinado poco después de su matrimonio. Su hijo, el tercer duque de Gandía, se casó con la hija natural de un hijo de Fernando V de Aragón. De este matrimonio nació el 28 de octubre de1510 Francisco de Borja y Aragón, nuestro santo, quien era nieto de un Papa (Alejandro VI) y de un rey (Fernando) y además, primo del emperador Carlos V.
Una vez que hubo terminado sus estudios, a los dieciocho años, Francisco ingresó en la corte de este último. Por entonces, ocurrió un incidente cuya importancia no había de verse sino más tarde. En Alcalá de Henares, Francisco quedó muy impresionado a la vista de un hombre a quien se conducía a la prisión de la Inquisición: ese hombre era Ignacio de Loyola.