Nació en La Rioja, España, cerca del año 1000. Entró de religioso con los Padres Benedictinos en el famoso monasterio de san Millán de la Cogolla, y estando allí, hizo grandes progresos espirituales recibiendo del Espíritu Santo la inspiración para interpretar los temas de la Revelación divina contenidos en la Sagrada Biblia.
Llegó a ser superior del convento, y en sólo dos años restauró totalmente aquella construcción que ya estaba deteriorada.
Un día llegó el rey de Navarra a exigirle que le entregara los cálices sagrados y lo más valioso que hubiera en el convento para dedicar todo esto a los gastos de guerra. Santo Domingo se le enfrentó valientemente y le dijo: "Puedes matar el cuerpo y a la carne hacer sufrir pero sobre el alma no tienes ningún poder. El evangelio me lo ha dicho, y a él debo creer que sólo al que al infierno puede echar el ama, a ese debo temer".
El rey de Navarra, lleno de indignación desterró al abad Domingo. Al enterarse de lo ocrrido, el rey Fernando I de Castilla, lo mandó llamar y le confió el Monasterio de Silos, que estaba en un sitio estéril y alejado; además se hallaba en estado de total abandono y descuido, tanto en lo material como en lo espiritual.
Santo Domingo demostró ser un genio organizador con un talento para la restauración. Levantó un monasterio ideal, y formó, entre otras cosas, una biblioteca llena de los mejores libros de ese tiempo, transformando aquella casa en un lugar de trabajo y oración.
Santo Domingo de Silos logró liberar a más de 300 cristianos que estaban prisioneros y eran utilizados como esclavos por los musulmanes. Por esta razón se le representa frecuentemente acompañado de hombres con cadenas.
El biógrafo, que escribió sobre la vida de este santo, poco después de su muerte, dice que no había enfermedad que las oraciones de este santo no lograran curar.
Y tras 96 años de su muerte, el santo se apareció en sueños a la mamá de Santo Domingo de Guzmán para anunciarle que tendría un hijo que sería un gran apóstol. Por eso cuando el niño nació lo llamaron Domingo en honor al santo de Silos. Es por ello también que muchas madres en España se encomiendan al santo Domingo de Silos para obtener que su hijo nazca bien y que cuando crezca lleve una vida santa.
Murió el 20 de diciembre del año 1073, y todavía se conserva el famoso monasterio de Santo Domingo.