Alrededor del año 1324, la santa ingresó al convento de las monjas "hospitalarias" de la orden de San Juan de Jerusalén. Desde su ingreso Flora tuvo que hacer frente a toda clase de pruebas espirituales. En una época le asaltó el deseo insidioso de volver al mundo. A consecuencia de esto sufrió una depresión nerviosa, y la tisteza que se revelaba en su rostro enfadaba a sus compañeras, las cuales insistían en tratarla como demente. Sin embargo, bajo la ayuda de un confesor que sí creyó en ella, la santa hizo grandes progresos en la vida espiritual, y Dios le concedió al fin las más extraordinarias gracias místicas. Tal vez, la más curiosa de estas experiencias fue la sensación que tenía la santa de que llevaba dentro de su cuerpo una cruz de madera de la prendía el cuerpo del Salvador. Los brazos de la cruz le perforaban las axilas y le producían hemorragias. Unas veces eran bucales y otras, la sangre manaba de una herida que tenía en el costado.
Murió en 1347, a los 38 años de edad. En su tumba se dieron numerosos milagros
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