Nació en Aragón, España, en 1556, hijo del gobernador de la región.
Su padre deseaba que fuera militar, pero los religiosos que lo instruyeron en su niñez lo entusiasmaron por la vida sacerdotal, y pidió que le dejaran hacer estudios eclesiásticos. Desde muy pequeño su gran deseo era poder alejar el mal y el pecado de las almas de los demás.
En el colegio se burlaban de él los compañeros, porque les perecía demasiado piadoso, pero poco a poco con su amabilidad los fue ganando a su favor.
Siendo universitario tuvo que huir de la ciudad donde estudiaba porque una mujer joven pretendía hacerlo pecar. Imitaba así a José el de la Biblia, que prefirió perder cualquier amistad aunque fuera de persona de alta clase social, con tal de no ofender a Dios.
Su padre deseaba que José fuera el heredero administrador de sus muchos bienes y riquezas. Pero en una gravísima enfermedad, el joven le prometió a Dios que si le concedía la curación, se dedicaría únicamente a trabajar por la salvación de las almas. El joven curó de la enfermedad, y entonces el papá le permitió cumplir su promesa, y fue ordenado sacerdote. Ya antes se había graduado de doctor en la universidad de Alcalá.