En 1580, cuando se llevó a cabo la separación de las dos ramas del Carmelo, Santa Teresa tenía ya sesenta y cinco años y su salud estaba muy debilitada. En los dos últimos años de su vida fundó otros dos conventos, lo cual hacía un total de diecisiete. Las fundaciones de la santa no eran simplemente un refugio de las almas contemplativas, sino también una especie de reparación de los destrozos llevados a cabo en los monasterios por el protestantismo, principalmente en Inglaterra y Alemania.
Dios tenía reservada para los últimos años de vida de su sierva, la prueba cruel de que interviniera en el proceso legal del testamento de su hermano Lorenzo, cuya hija era superiora en el convento de Valladolid. Como uno de los abogados tratase con rudeza a la santa, ésta replicó: "Quiera Dios trataros con la cortesía con que vos me tratáis a mí". Sin embargo, Teresa se quedó sin palabra cuando su sobrina, que hasta entonces había sido una excelente religiosa, la puso a la puerta del convento de Valladolid, que ella misma había fundado. Poco después, la santa escribía a la madre de María de San José: "Os suplico, a vos y a vuestras religiosas, que no pidáis a Dios que me alargue la vida. Al contrario, pedidle que me lleve pronto al eterno descanso, pues ya no puedo seros de ninguna utilidad".
En la fundación del convento de Burgos, que fue la última, las dificultades no escasearon. En julio de 1582, cuando el convento estaba ya en marcha, Santa Teresa tenía la intención de retornar a Avila, pero se vio obligada a modificar sus planes para ir a Alba de Tormes a visitar a la duquesa María Henríquez. La Beata Ana de San Bartolomé refiere que el viaje no estuvo bien proyectado y que Santa Teresa se hallaba ya tan débil, que se desmayó en el camino. Una noche sólo pudieron comer unos cuantos higos. Al llegar a Alba de Tormes, la santa tuvo que acostarse inmediatamente. Tres días más tarde, dijo a la Beata Ana: "Por fin, hija mía, ha llegado la hora de mi muerte". El P. Antonio de Heredia le dio los últimos sacramentos y le preguntó dónde quería que la sepultasen. Teresa replicó sencillamente: "¿Tengo que decidirlo yo? ¿Me van a negar aquí un agujero para mi cuerpo?" Cuando el P. de Heredia le llevó el viático, la santa consiguió erguirse en el lecho, y exclamó: "¡Oh, Señor, por fin ha llegado la hora de vernos cara a cara!" Santa Teresa de Jesús, visiblemente transportada por lo que el Señor le mostraba, murió en brazos de la Beata Ana a las 9 de la noche del 4 de octubre de 1582.
Precisamente al día siguiente, entró en vigor la reforma gregoriana del calendario, que suprimió diez días, de suerte que la fiesta de la santa fue fijada, más tarde, el 15 de octubre.
Santa Teresa fue sepultada en Alba de Tormes, donde reposan todavía sus reliquias. Su canonización tuvo lugar en 1622. El 27 de septiembre de 1970 Pablo VI le reconoció el título de Doctora de la Iglesia. En la actualidad, las carmelitas descalzas son aprox. 14.000 en 835 conventos en el mundo. Los carmelitas descalzos son 3.800 en 490 conventos.