En los últimos años de su vida aumentaron los sufrimiento interiores, la llamada noche pasiva del espíritu y las dolencias del cuerpo: se desarrolló la tuberculosis que atacó sus pulmones y sistema digestivo. A causa de ello dos veces fue internada en el hospital de Pradnik en Cracovia, por varios meses.
Extenuada físicamente por completo, pero plenamente adulta de espíritu y unida místicamente con Dios, falleció en olor de santidad, el 5 de octubre de 1938, a los 33 años, de los cuales 13 fueron vividos en el convento. Su funeral tuvo lugar dos días más tarde, en la Fiesta de Nuestra Señora del Rosario que aquel año fue primer viernes de mes. Su cuerpo fue sepultado en el cementerio de la Comunidad en Cracovia – Lagievniki, y luego, durante el proceso informativo en 1966, fue trasladado a la capilla.
En el año 1935, Santa Faustina le escribió a su director espiritual: "Llegará un momento en que esta obra que Dios tanto recomienda parecerá como [si fuera] en ruina completa, y entonces, la acción de Dios seguirá con gran poder, que dará testimonio de la verdad. Ella [la obra] será un nuevo esplendor para la Iglesia, aunque haya reposado en Ella desde hace mucho tiempo" (Diario 378).
De hecho, esto sí sucedió. El 6 de marzo de 1959, la Santa Sede, por información errónea que le fue presentada, prohibió "la divulgación de imagines y escritos que propagan la devoción a La Misericordia Divina en la manera propuesta por Santa Faustina". Como resultado, pasaron casi veinte años de silencio total. Entonces, el 15 de abril de 1978, la Santa Sede, tras un examen cuidadoso de algunos de los documentos originales previamente indisponibles, cambió totalmente su decisión y de nuevo permitió la práctica de La Devoción. El hombre primariamente responsable por la revocación de esta decisión fue el Cardenal Karol Wojtyla, el Arzobispo de Cracovia, diócesis en la que nació Santa Faustina. El 16 de octubre de 1978, el mismo Cardenal Wojtyla fue elevado a la Sede de San Pedro bajo el título de "Papa Juan Pablo II".
El 7 de marzo de 1992, se declararon "heroicas" las virtudes de Sor Faustina; el 21 de diciembre de 1992, una curación por medio de su intercesión fue declarada "milagrosa"; y el 18 de abril de 1993, el Papa Juan Pablo II tuvo el honor de declarar a la Venerable Sierva de Dios, Sor Faustina Kowalska, "Beata".
En 1997 el Papa Juan Pablo II hizo una peregrinación a la tumba de la Beata Faustina en Polonia, le llamó "Gran apóstol de la Misericordia en nuestros días". El Papa dijo en su tumba "El mensaje de la Divina Misericordia siempre ha estado cerca de mi como algo muy querido..., en cierto sentido forma una imagen de mi Pontificado."
El 10 de marzo del 2000, se anunció la fecha para la canonización después de ser aceptado el segundo milagro obtenido por su intercesión. El milagro fue la curación del Padre Pytel de una condición congénita del corazón, después de las oraciones hechas por miembros de la congregación de su parroquia el día del aniversario de la muerte de Santa Faustina, en Octubre 5 de 1995.
La Secretaria de la Misericordia de Dios fue elevada a los altares por el Santo Padre el 30 de abril del año 2000, el Domingo de la Divina Misericordia. Es la primera santa que fue canonizada en el año jubilar 2000 y en el milenio.
Al final de la Canonización de Santa Maria Faustina el Santo Padre declaró el segundo domingo de Pascua como el “Domingo de la Misericordia Divina”, estableciendo la Fiesta de la Divina Misericordia que Jesús tanto pedía a Santa Faustina. El Santo Padre dijo: “En todo el mundo, el segundo domingo de Pascua recibirá el nombre de Domingo de la Divina Misericordia. Una invitación perenne para el mundo cristiano a afrontar, con confianza en la benevolencia divina, las dificultades y las pruebas que esperan al género humano en los años venideros”. Y después de su visita a Polonia en junio del 2002, “para hacer que los fieles vivan con intensa piedad esta celebración, el mismo Sumo Pontífice ha establecido que el citado domingo se enriquezca con la indulgencia plenaria para que los fieles reciban con más abundancia el don de la consolación del Espíritu Santo, y cultiven así una creciente caridad hacia Dios y hacia el prójimo, y, una vez obtenido de Dios el perdón de sus pecados, ellos a su vez perdonen generosamente a sus hermanos.”