A los 33 años empezó como estudiante de colegio en Barcelona, España. Sus compañeros de estudio eran mucho más jóvenes que él y se burlaban mucho. El toleraba todo con admirable paciencia. De todo lo que estudiaba tomaba pretexto para elevar su alma a Dios y adorarlo.
Después pasó a la Universidad de Alcalá. Vestía muy pobremente y vivía de limosna. Reunía niños para enseñarles religión; hacía reuniones de gente sencilla para tratar temas de espiritualidad, y convertía pecadores hablándoles amablemente de lo importante que es salvar el alma.
San Ignacio de Loyola fue acusado injustamente ante la autoridad religiosa y estuvo dos meses en la cárcel. Después lo declararon inocente, pero había gente que lo perseguía. El consideraba todos estos sufrimientos como un medio que Dios le proporcionaba para que fuera pagando sus pecados. Y exclamaba: "No hay en la ciudad tantas cárceles ni tantos tormentos como los que yo deseo sufrir por amor a Jesucristo".
Se fue a Paris a estudiar en su famosa Universidad de La Sorbona. Allá formó un grupo con seis compañeros que se han hecho famosos porque con ellos fundó la Compañía de Jesús. Ellos son: Pedro Fabro, Francisco Javier, Laínez, Salnerón, Simón Rodríguez y Nicolás Bobadilla. Recibieron doctorado en aquella universidad y daban muy buen ejemplo a todos.
Los siete hicieron votos o juramentos de ser puros, obedientes y pobres, el día 15 de Agosto de 1534, fiesta de la Asunción de María. Se comprometieron a estar siempre a las órdenes del Sumo Pontífice para que él los emplease en lo que mejor le pareciera para la gloria de Dios.
Se fueron a Roma y el Papa Pablo III les recibió muy bien y les dio permiso de ser ordenados sacerdotes. Ignacio, que se había cambiado por ese nombre su nombre antiguo de Íñigo, esperó un año desde el día de su ordenación hasta el día de la celebración de su primera misa, para prepararse lo mejor posible a celebrarla con todo fervor.
San Ignacio se dedicó en Roma a predicar Ejercicios Espirituales y a catequizar al pueblo. Sus compañeros se dedicaron a dictar clases en universidades y colegios y a dar conferencias espirituales a toda clase de personas. Se propusieron como principal oficio enseñar la religión a la gente.