La estancia definitiva en Montilla fue especialmente fructífera. Dejó una huella imborrable en los sacerdotes de la ciudad. En una de sus últimas celebraciones de la misa le hablo un hermoso crucifijo que él veneraba: “perdonados te son tus pecados”.
Pero la enfermedad iba pudiendo más que su voluntad. A principio de mayo de 1569 empeoró gravemente. En medio de fuertes dolores se le oía rezar: “Señor mío, crezca el dolor, y crezca el amor, que yo me deleito en el padecer por vos”. Pero en otras ocasiones podía la debilidad: “¡Ah, Señor, que no puedo!”. Una noche, cuando no podía resistir más, pidió al Señor le alejara el dolor, como así se hizo en efecto; por la mañana, confundido, dijo a los suyos: “¡Qué bofetada me ha dado Nuestro Señor esta noche!”.
Juan de Ávila no hizo testamento, porque dijo que no tenía nada que testar. Pidió que celebraran por él muchas misas; rogó encarecidamente que le dijeran lo que se dice a quienes van a morir por sus delitos. Quiso que se celebrara la misa de resurrección en aquellos momentos en que se encontraba tan mal. Manifestó el deseo de que su cuerpo fuera enterrado en la iglesia de los jesuitas, pues a los que tanto había querido en vida, quiso dejarles su cuerpo en muerte. Quiso recibir la Unción con plena conciencia. Invocó a la Virgen con el Recordare, Virgo Mater... Y una de sus últimas palabras mirando el crucifijo, fue “ya no tengo pena de este negocio”. Era el 10 de mayo de 1569. Santa Teresa, al enterarse de la muerte de Juan de Ávila, se puso a llorar y, preguntándole la causa, dijo: “Lloro porque pierde la Iglesia de Dios una gran columna”.
La persona, los escritos, la obra y los discípulos de Juan de Ávila influirán en los siglos posteriores. Hemos visto los santos y autores que estuvieron relacionados más o menos con san Juan de Ávila; casi todos ellos influenciados por sus escritos, por su persona o por su obra. Se suelen encontrar, además, vestigios de influencia místico-poética en san Juan de la Cruz y en Lope de Vega. San Francisco de Sales y san Alfonso Mª de Ligorio citan frecuentemente a san Juan de Ávila. Y san Antonio Mª Claret reconocía el bien que le hicieron los escritos de san Juan de Ávila como predicador. Su influencia es notoria en la escuela francesa de espiritualidad sacerdotal, en cuyos escritos y doctrina se inspiraron.
En 1588, Fr. Luis de Granada, recogiendo algunos escritos enviados por los discípulos y recordando su propia convivencia con san Juan de Ávila, escribió la primera biografía. En 1623, la Congregación de san Pedro Apóstol, de sacerdotes naturales de Madrid, inicia la causa de beatificación. En 1635, el Licdo. Luis Muñoz escribe la segunda biografía de Juan de Ávila, basándose en la de Fr. Luis, en los documentos del proceso de beatificación y en algunos documentos que se han perdido. El día 4 de abril de 1894, León XIII beatifica al Maestro Ávila. Pío XII, el 2 de julio de 1946 lo declara Patrono del clero secular español. Pero el maestro de santos tendrá que esperar hasta el año 1970 para ser canonizado por el Papa Pablo VI.
La iglesia de la Compañía de Montilla, donde descansan sus restos, y la pequeña casa donde vivió sus últimos años san Juan de Ávila, son centros de continuo peregrinar de obispos, sacerdotes y fieles de toda España.
La Conferencia Episcopal Española ha pedido a la Santa Sede, con motivo del centenario del nacimiento de san Juan de Ávila, que sea declarado Doctor de la Iglesia Universal. Esperamos que aquél que ha sido conocido a lo largo de los últimos cinco siglos como el Maestro, pronto le sea reconocido por la Iglesia oficial el título de Doctor y Maestro del pueblo cristiano.