En la mañana del 9 de septiembre de 1654, después de haber contemplado a Jesús y a la Santísima Virgen, con gran paz se fue al cielo. Beatificado el 16 de Julio de 1850 por Pío IX. Canonizado el 15 de Enero de 1888 por León XIII junto con Alfonso Rodriguez. El 7 de julio de 1896 fue proclamado patrón especial de todas las misiones católicas entre los negros. El Papa Juan Pablo II rezó ante los restos mortales de San Pedro Claver en la Iglesia de los Jesuitas en Cartagena el 6 de julio de 1986.