Mientras se proponía seriamente convertirse, una noche se le apareció Nuestra Señora con su Hijo Santísimo. La visión lo consoló inmensamente. Desde entonces se propuso no dedicarse a servir a gobernantes de la tierra sino al Rey del cielo.
Apenas terminó su convalecencia se fue en peregrinación al famoso Santuario de la Virgen de Monserrat. Allí tomó el serio propósito de dedicarse a hacer penitencia por sus pecados. Cambió sus lujosos vestidos por los de un pordiosero, se consagró a la Virgen Santísima e hizo confesión general de toda su vida.
Y se fue a un pueblecito llamado Manresa, a 15 kilómetros de Monserrat a orar y hacer penitencia, allí estuvo un año. Cerca de Manresa había una cueva y en ella se encerraba a dedicarse a la oración y a la meditación. Allá se le ocurrió la idea de los Ejercicios Espirituales, que tanto bien iban a hacer a la humanidad.
Después de unos días en los cuales sentía mucho gozo y consuelo en la oración, empezó a sentir aburrimiento y cansancio por todo lo que fuera espiritual. A esta crisis de desgano la llaman los sabios "la noche oscura del alma". Es un estado dificultoso que cada uno tiene que pasar para que se convenza de que los consuelos que siente en la oración no se los merece, sino que son un regalo gratuito de Dios. Luego le llegó otra enfermedad espiritual muy fastidiosa: los escrúpulos. O sea el imaginarse que todo es pecado. Esto casi lo lleva a la desesperación.
Pero iba anotando lo que le sucedía y lo que sentía y estos datos le proporcionaron después mucha habilidad para poder dirigir espiritualmente a otros convertidos y según sus propias experiencias poderles enseñar el camino de la santidad. Allí orando en Manresa adquirió lo que se llama "Discreción de espíritus", que consiste en saber determinar qué es lo que le sucede a cada alma y cuáles son los consejos que más necesita, y saber distinguir lo bueno de lo malo. A un amigo suyo le decía después: "En una hora de oración en Manresa aprendí más a dirigir almas, que todo lo que hubiera podido aprender asistiendo a universidades".
En 1523 se fue en peregrinación a Jerusalén, pidiendo limosna por el camino. Todavía era muy impulsivo y un día casi ataca a espada a uno que hablaba mal de la religión. Por eso le aconsejaron que no se quedara en Tierra Santa donde había muchos enemigos del catolicismo. Después fue adquiriendo gran bondad y paciencia.