El 2 de agosto de 1925, fiesta de Nuestra Señora de los Ángeles, entró en la Congregación como Postulante. Pocas semanas después de haber entrado tuvo la tentación de irse del convento. Fue en busca de la Madre Superiora y al no encontrarla se fue a su celda. Estando en su cuarto tuvo una visión de Jesús, con su rostro destrozado y cubierto de llagas. Ella le preguntó "¿Jesús quién te ha herido tanto?" Jesús le contestó: "Esto es el dolor que me causarías si te vas de este convento. Es aquí donde te he llamado y no a otro; y tengo preparadas para ti muchas gracias." Ella comprendió que Dios realmente la quería ahí y a la mañana siguiente confesó a su director espiritual lo que le había ocurrido. Él le confirmó que realmente Dios la quería ahí.
Como Postulante se familiarizó en sus ejercicios espirituales. Fue encargada de la cocina, de limpiar el cuarto de la Madre Barkiewez y de cuidarla durante su enfermedad. A causa de sus conflictos interiores, su gran fervor espiritual, y el cambio de vida, la salud de Santa Faustina empezó a decaer. Las superioras, alarmadas por el agotamiento que manifestaba, la enviaron a Skolimow, a la casa de descanso, en compañía de dos hermanas.
En los comienzos de 1926, fue enviada al noviciado en Józefów (el lugar de San José) en Cracovia-Lagiewniki, para terminar su Postulantado y el 30 de abril tomó el hábito religioso como novicia y recibió su nombre de Sor María Faustina. Durante la ceremonia le fue revelada la magnitud de sus sufrimientos futuros y a lo que se estaba comprometiendo. Esto duró poco, luego el Señor la llenó de una gran consolación. En este convento de Cracovia-Lagiewniki, Santa Maria Faustina hizo su noviciado, pronunció sus primeros votos y los perpetuos, sirvió como cocinera, jardinera y portera, y pasó los últimos años de su vida terrenal.
En el transcurso de su noviciado un hecho que se conoce mucho es la historia de la escurrida de las papas. Debido a la gran debilidad que sufría, esta tarea se le dificultaba cada día más, entonces empezó a evadirla, pero al poco tiempo se empezó a notar; la Madre Superiora no comprendía que a pesar de su deseo, Sor Faustina no podía hacerlo por su poca fuerza. Un día, cuando hizo su examen de conciencia se quejó al Señor de su debilidad. Escuchó estas palabras: "Desde hoy tendrás más facilidad, pues yo te fortaleceré". A la noche, confiada por lo que el Señor le había prometido, se apresuró a tomar la olla. La levantó con facilidad y la escurrió perfectamente. Cuando levantó la tapa para dejar salir el vapor, en vez de papas, ella vio ramos de rosas, las más hermosas que jamás hubiese visto. Tratando de comprender esta visión escuchó estas palabras: "Yo cambié tu trabajo tan duro en un ramillete de las más bellas flores, y su perfume sube a Mi Trono". Después de esto ella buscaba como hacer este trabajo diariamente aun cuando no le tocaba, porque comprendió que le agradaba al Señor.
Para quien la observara desde fuera nada hubiera delatado su extraordinaria y rica vida mística. Cumplía sus deberes con fervor, observaba fielmente todas las reglas del convento, era recogida y piadosa, pero a la vez natural, y alegre, llena de amor benévolo y desinteresado al prójimo. Sus hermanas recuerdan que Santa Faustina fue una grata compañía durante el noviciado y su conducta al orar provocaba en las otras novicias una gran reverencia a la Majestad de Dios.
Toda su vida se concentraba en caminar con constancia hacia la cada vez más plena unión con Dios y en una abnegada colaboración con Jesús en la obra de la salvación de las almas. “Jesús mío - confeso en el diario – Tú sabes que desde los años más tempranos deseaba ser una gran santa, es decir, deseaba amarte con un amor tan grande como ningún alma Te amó hasta ahora” (# 1372).
Durante su vida logró un alto grado de unión de su alma con Dios, pero también tuvo que esforzarse y luchar en duros combates en el camino hacia la perfección cristiana. El Señor la colmó de muchas gracias extraordinarias: los dones de contemplación y de profundo conocimiento del misterio de la Divina Misericordia, visiones, revelaciones, estigmas ocultos, los dones de profecía, de leer en las almas humanas, y desposorios místicos. Colmada de tantas gracias, escribió: “Ni las gracias ni las revelaciones, ni los éxtasis, ni ningún otro don concedido al alma la hacen perfecta, sino la comunión interior del alma con Dios... Mi santidad y perfección consisten en una estrecha unión de mi voluntad con la voluntad de Dios." (# 1107).