En la época en que el P. Alvarez fue su director, Teresa sufrió graves persecuciones, que duraron tres años; además, durante dos años, atravesó por un periodo de intensa desolación espiritual, aliviado por momentos de luz y consuelo extraordinarios. La santa quería que los favores que Dios le concedía, permaneciesen secretos, pero las personas que la rodeaban estaban perfectamente al tanto y, en más de una ocasión, la acusaron de hipocresía y presunción.
El P. Alvarez era un hombre bueno y timorato, que no tuvo el valor suficiente para salir en defensa de su dirigida, aunque siguió confesándola. Lamentablemente, los mediocres siempre son la mayoría. Estos se molestan ante la auténtica santidad porque no saben cómo lidiar con las intervenciones sobrenaturales por claras que sean. Prefieren descartarlas o ignorarlas, asumiendo que son producto de la exageración o el desequilibrio. Para justificar su posición apelan a las verdaderas exageraciones y desequilibrios y agrupan lo auténtico con lo falso. En otras palabras, carecen de discernimiento espiritual.
En 1557, San Pedro de Alcántara pasó por Ávila y, naturalmente, fue a visitar a la famosa carmelita. El santo declaró que le parecía evidente que el Espíritu de Dios guiaba a Teresa, pero predijo que las persecuciones y sufrimientos seguirían lloviendo sobre ella. Las pruebas que Dios le enviaba purificaron el alma de la santa, y los favores extraordinarios le enseñaron a ser humilde y fuerte, la despegaron de las cosas del mundo y la encendieron en el deseo de poseer a Dios.
En algunos de sus éxtasis, de los que nos dejó la santa una descripción detallada, se elevaba hasta un metro. Después de una de aquellas visiones escribió la bella poesía que dice: "Tan alta vida espero que muero porque no muero". A este propósito, comenta Teresa: Dios "no parece contentarse con arrebatar el alma a Sí, sino que levanta también este cuerpo mortal, manchado con el barro asqueroso de nuestros pecados". En esos éxtasis se manifestaban la grandeza y bondad de Dios, el exceso de su amor y la dulzura de su servicio en forma sensible, y el alma de Teresa lo comprendía con claridad, aunque era incapaz de expresarlo. El deseo del cielo que dejaban las visiones en su alma era inefable. "Desde entonces, dejé de tener miedo a la muerte, cosa que antes me atormentaba mucho". Las experiencias místicas de la santa llegaron a las alturas de los esponsales espirituales, el matrimonio místico y la transverberación.
Santa Teresa nos dejó el siguiente relato sobre el fenómeno de la transverberación: "Vi a mi lado a un ángel que se hallaba a mi izquierda, en forma humana. Confieso que no estoy acostumbrada a ver tales cosas, excepto en muy raras ocasiones. Aunque con frecuencia me acontece ver a los ángeles, se trata de visiones intelectuales, como las que he referido más arriba . . . El ángel era de corta estatura y muy hermoso; su rostro estaba encendido como si fuese uno de los ángeles más altos que son todo fuego. Debía ser uno de los que llamamos querubines . . . Llevaba en la mano una larga espada de oro, cuya punta parecía un ascua encendida. Me parecía que por momentos hundía la espada en mi corazón y me traspasaba las entrañas y, cuando sacaba la espada, me parecía que las entrañas se me escapaban con ella y me sentía arder en el más grande amor de Dios. El dolor era tan intenso, que me hacía gemir, pero al mismo tiempo, la dulcedumbre de aquella pena excesiva era tan extraordinaria, que no hubiese yo querido verme libre de ella.
El anhelo de Teresa de morir pronto para unirse con Dios, estaba templado por el deseo que la inflamaba de sufrir por su amor. A este propósito escribió: "La única razón que encuentro para vivir, es sufrir y eso es lo único que pido para mí". Según reveló la autopsia en el cadáver de la santa, había en su corazón la cicatriz de una herida larga y profunda.
El año siguiente (1560), para corresponder a esa gracia, la santa hizo el voto de hacer siempre lo que le pareciese más perfecto y agradable a Dios. Un voto de esa naturaleza está tan por encima de las fuerzas naturales, que sólo el esforzarse por cumplirlo puede justificarlo. Santa Teresa cumplió perfectamente su voto.