Francisco tuvo pronto numerosos seguidores y algunos querían hacerse discípulos suyos. El primer discípulo fue Bernardo de Quintavalle, un rico comerciante de Asís. Al principio Bernardo veía con curiosidad la evolución de Francisco y con frecuencia le invitaba a su casa, donde le tenía siempre preparado un lecho próximo al suyo. Bernardo se fingía dormido para observar cómo el siervo de Dios se levantaba calladamente y pasaba largo tiempo en oración, repitiendo estas palabras: "Deus meus et omnia" (Mi Dios y mi todo). Al fin, comprendió que Francisco era "verdaderamente un hombre de Dios" y enseguida le suplicó que le admitiese corno discípulo.
Desde entonces, juntos asistían a misa y estudiaban la Sagrada Escritura para conocer la voluntad de Dios. Como las indicaciones de la Biblia concordaban con sus propósitos, Bernardo vendió cuanto tenía y repartió el producto entre los pobres.
Pedro de Cattaneo, canónigo de la catedral de Asís, pidió también a Francisco que le admitiese como discípulo y el santo les "concedió el hábito" a los dos juntos, el 16 de abril de 1209. El tercer compañero de San Francisco fue el hermano Gil, famoso por su gran sencillez y sabiduría espiritual.
En 1210, cuando el grupo contaba ya con 12 miembros, Francisco redactó una regla breve e informal que consistía principalmente en los consejos evangélicos para alcanzar la perfección. Con ella se fueron a Roma a presentarla para aprobación del Sumo Pontífice. Viajaron a pie, cantando y rezando, llenos de felicidad, y viviendo de las limosnas que la gente les daba.
En Roma no querían aprobar esta comunidad porque les parecía demasiado rígida en cuanto a pobreza, pero al fin un Cardenal dijo: "No les podemos prohibir que vivan como lo mandó Cristo en el Evangelio". Recibieron la aprobación, y se volvieron a Asís a vivir en pobreza, en oración, en santa alegría y gran fraternidad, junto a la iglesia de la Porciúncula. Inocencio III se mostró adverso al principio. Por otra parte, muchos cardenales opinaban que las órdenes religiosas ya existentes necesitaban de reforma, no de multiplicación y que la nueva manera de concebir la pobreza era impracticable.
El Cardenal Juan Colonna alegó en favor de Francisco que su regla expresaba los mismos consejos con que el Evangelio exhortaba a la perfección. Más tarde, el Papa relató a su sobrino, quien a su vez lo comunicó a San Buenaventura, que había visto en sueños una palmera que crecía rápidamente y después, había visto a Francisco sosteniendo con su cuerpo la basílica de Letrán que estaba a punto de derrumbarse. Cinco años después, el mismo Pontífice tendría un sueño semejante a propósito de Santo Domingo. Inocencio III mandó, pues, llamar a Francisco y aprobó verbalmente su regla; enseguida le impuso la tonsura, así como a sus compañeros y les dio por misión predicar la penitencia.