Cinco meses más tarde, se enteró Javier de que en las costas de la Pesquería, que se extienden frente a Ceilán desde el Cabo de Comorín hasta la isla de Manar, habitaba la tribu de los paravas. Estos habían aceptado el bautismo para obtener la protección de los portugueses contra los árabes y otros enemigos; pero, por falta de instrucción, conservaban aún las supersticiones del paganismo y practicaban sus errores... Javier partió en auxilio de esa tribu que "sólo sabía que era cristiana y nada más". El santo hizo trece veces aquel viaje tan peligroso, bajo el tórrido calor del sur de Asia. A pesar de la dificultad, aprendió el idioma nativo y se dedicó a instruir y confirmar a los ya bautizados. Particular atención consagró a la enseñanza del catecismo a los niños. Los paravas, que hasta entonces no conocían siquiera el nombre de Cristo, recibieron el bautismo en grandes multitudes. A este propósito, Javier informaba a sus hermanos de Europa que, algunas veces, tenía los brazos tan fatigados por administrar el bautismo, que apenas podía moverlos. Los generosos paravas, que eran considerados de casta baja, extendieron a San Francisco Javier una acogida calurosa, en tanto que los brahamanes, de clase alta, recibieron al santo con gran frialdad, y su éxito con ellos fue tan reducido que, al cabo de doce meses, sólo había logrado convertir a un brahamán. Según parece, en aquella época Dios obró varias curaciones milagrosas por medio de Javier.
Por su parte, Javier se adaptaba plenamente al pueblo con el que vivía. Con los pobres comía arroz y dormía en el suelo de una pobre choza. Dios le concedió maravillosas consolaciones interiores. Con frecuencia, decía Javier de sí mismo: "Oigo exclamar a este pobre hombre que trabaja en la viña de Dios: 'Señor no me des tantos consuelos en esta vida; pero, si tu misericordia ha decidido dármelos, llévame entonces todo entero a gozar plenamente de Ti '". Javier regresó a Goa en busca de otros misioneros y volvió a la tierra de los paravas con dos sacerdotes y un catequista indígena y con Francisco Mansilhas a quienes dejó en diferentes puntos del país. El santo escribió a Mansilhas una serie de cartas que constituyen uno de los documentos más importantes para comprender el espíritu de Javier y conocer las dificultades con que se enfrentó.