Clara, a pesar de ser superiora, tenía la costumbre de servir la mesa y brindar agua a las religiosas para que lavasen sus manos, y cuidaba solícitamente de ellas. Cuentan que se levantaba todas las noches a verificar si alguna religiosa estaba destapada. Francisco muchas veces le envió enfermos a San Damián y Clara los sanaba con sus cuidados.
Ni aún estando enferma, lo que era frecuente, omitía el trabajo manual. Así se dedicaba a bordar corporales, en la misma cama, que mandaba a las iglesias pobres de las montañas del valle.
Así como en el trabajo era ejemplo para las religiosas, lo era también en la vida de oración. Después de las completas, último oficio del día, permanecía largo rato sola, en la iglesia ante el Crucifijo que habló a San Francisco. Allí rezaba el “Oficio de la Cruz”, que había compuesto Francisco. Estas prácticas no le impedían levantarse por la mañana muy temprano, para levantar a las hermanas, encender las lámparas y tocar la campana para la misa primera.
Según la leyenda, una vez fue el Papa a San Damián; Santa Clara hizo preparar las mesas y poner el pan en ellas, para que el Santo padre lo bendijera. El Papa pidió a la santa que fuera ella quien lo hiciera, a lo que Clara se opuso rotundamente. El Papa la instó por santa obediencia a que hiciera la señal de la cruz sobre los panes y los bendijera en el nombre de Dios. Santa Clara, como verdadera hija de obediencia, bendijo muy devotamente aquellos panes con la señal de la cruz, y al instante apareció en todos los panes la señal de la cruz.
Su cama, en los inicios, eran haces de sarmiento con un tronco de madera por almohada; después la cambió en un pedazo de cuero y un áspero cojín; por orden de Francisco se redujo a dormir después en un jergón de paja.
En los ayunos de Adviento, Cuaresma y de San Martín, Clara no se alimentaba sino tres días en la semana, y solo con pan y agua. Para reemplazar la mortificación corporal observó por largo tiempo la práctica de usar a raíz del cuerpo una camisa de cuero de cerdo con la parte velluda hacia dentro.
Estando una vez Clara gravemente enferma en la solemnidad de la Natividad de Cristo, fue transportada milagrosamente a la iglesia de San Francisco y así pudo asistir a todo el oficio de los maitines y de la misa de medianoche, y además pudo recibir la sagrada comunión; después fue llevada de nuevo a su cama.