Los carmelitas de Italia veían con malos ojos el progreso de la reforma en España, lo mismo que los carmelitas no reformados de España, pues comprendían que un día u otro se verían obligados a reformarse. El P. Rubio, superior general de la orden, quien hasta entonces había favorecido a santa Teresa, se pasó al lado de sus enemigos y reunió en Plasencia un capítulo general que aprobó una serie de decretos contra la reforma. El nuevo nuncio apostólico, Felipe de Sega, destituyó al P. Gracián de su cargo de visitador de los carmelitas descalzos y encarceló a San Juan de la Cruz en un monasterio; por otra parte, ordenó a Santa Teresa que se retirase al convento que ella eligiera y que se abstuviese de fundar otros nuevos.
La santa, al mismo tiempo que encomendaba el asunto a Dios, decidió valerse de los amigos que tenía en el mundo y consiguió que el propio Felipe II interviniese en su favor. En efecto, el monarca convocó al nuncio y le reprendió severamente por haberse opuesto a la reforma del Carmelo.
En 1580 obtuvo de Roma una orden que eximía a los carmelitas descalzos de la jurisdicción del provincial de los calzados. "Esa separación fue uno de los mayores gozos y consolaciones de mi vida, pues en aquellos veinticinco años nuestra orden había sufrido más persecuciones y pruebas de las que yo podría escribir en un libro. Ahora estábamos por fin en paz, calzados y descalzos, y nada iba a distraernos del servicio de Dios".
Indudablemente Santa Teresa era una mujer excepcionalmente dotada. Su bondad natural, su ternura de corazón y su imaginación chispeante de gracia, equilibradas por una extraordinaria madurez de juicio y una profunda intuición, le ganaban generalmente el cariño y el respeto de todos. Razón tenía el poeta Crashaw al referirse a Santa Teresa bajo los símbolos aparentemente opuestos de "el águila" y "la paloma". Cuando le parecía necesario, la santa sabía hacer frente a las más altas autoridades civiles o eclesiásticas, y los ataques del mundo no le hacían doblar la cabeza. Las palabras que dirigió al P. Salazar: "Guardaos de oponeros al Espíritu Santo", no fueron el reto de una histérica sino la verdad. Y no fue un abuso de autoridad lo que la movió a tratar con dureza implacable a una superiora que se había incapacitado a fuerza de hacer penitencia. Pero el águila no mata a la paloma, como puede verse por la carta que escribió a un sobrino suyo que llevaba una vida alegre y disipada: "Bendito sea Dios porque os ha guiado en la elección de una mujer tan buena y ha hecho que os caséis pronto, pues habíais empezado a disiparos desde tan joven, que temíamos mucho por vos. Esto os mostrará el amor que os profeso". La santa tomó a su cargo a la hija ilegítima y a la hermana del joven, la cual tenía entonces siete años: "Las religiosas deberíamos tener siempre con nosotras a una niña de esa edad".