Santa Faustina sufrió la mayor parte de su noviciado constantes combates interiores. No podía meditar ni sentir la presencia de Dios. Sufrió fuertes tormentos y tentaciones, aún estando en la capilla. En más de una ocasión, estando en la Santa Misa, sintió que blasfemaba contra Dios, no sentía contento con nada. Hasta las verdades más simples sobre la fe le eran difícil de comprender.
Durante todo este tiempo Santa Faustina no estuvo sola, tuvo la ayuda de su Maestra de Novicias, Sor Joseph Brzoza quien veía en ella grandes gracias venidas de Dios. Aunque Santa Faustina se sentía en ese momento totalmente abandonada por Dios, Sor Joseph le decía: "sepa querida hermana que Dios quiere tenerla bien cerca de El en el Cielo. Tenga gran confianza en Jesús."
Durante su tercer año de noviciado le fue revelado lo que era ser Alma Víctima. Anota ella en su diario: "El sufrir es una gracia grande; a través del sufrimiento el alma se hace como la del Salvador; en el sufrimiento el amor se cristaliza, mientras más grande el sufrimiento más puro el amor". (57)
Sor Faustina se ofreció como víctima por los pecadores y con este propósito experimentó diversos sufrimientos para salvar las almas a través de ellos. Durante una hora particular de adoración, Dios le reveló a Santa Faustina todo lo que ella tendría que sufrir: falsas acusaciones, la pérdida del buen nombre, y mucho más. Cuando la visión terminó, un sudor frío bañó su frente. Jesús le hizo saber que aún cuando ella no diere su consentimiento a esto, ella se salvaría y El no disminuiría Sus gracias y seguiría manteniendo una relación íntima con ella. La generosidad de Dios no disminuiría para nada. Consciente de que todo el misterio dependía de ella, consintió libremente al sacrificio en completo uso de sus facultades. Luego escribió lo siguiente en su diario: “De repente, cuando había consentido a hacer el sacrificio con todo mi corazón y todo mi entendimiento; la presencia de Dios me cubrió, me parecía que me moría de amor a la vista de su mirada.”
Durante la Cuaresma de ese mismo año, 1933, experimentó en su propio cuerpo y corazón la Pasión del Señor, recibiendo invisiblemente las estigmas. Únicamente su confesor lo conoció. Ella lo narra así: "Un día durante la oración, vi una gran luz y de esta luz salían rayos que me envolvían completamente. De pronto sentí un dolor muy agudo en mis manos, en mis pies, y en mi costado, y sentí el dolor de la corona de espinas, pero esto fue sólo por un tiempo bien corto."
Tiempo más tarde, cuando Santa Faustina se enfermó de Tuberculosis, experimentó nuevamente los sufrimientos de la Pasión del Señor repitiéndose todos los Viernes y algunas veces cuando se encontraba con un alma que no estaba en estado de gracia. Aunque esto no era muy frecuente; los sufrimientos eran dolorosos y de corta duración, no los hubiera soportado sin una gracia especial de Dios.