Desde el momento de su "conversión", San Francisco de Borja, canonizado en 1671, cayó en la cuenta de la importancia y de la dificultad de alcanzar la verdadera humildad y se impuso toda clase de humillaciones a los ojos de Dios y de los hombres. Cierto día, en Valladolid, donde el pueblo recibió al santo en triunfo, el P. Bustamante observó que Francisco se mostraba todavía más humilde que de ordinario y le preguntó la razón de su actitud. El replicó: "Esta mañana, durante la meditación, caí en la cuenta de que mi verdadero sitio está en el infierno y tengo la impresión de que todos los hombres, aun los más tontos, deberían gritarme: ‘¡Ve a ocupar tu sitio en el infierno!’".
Un día confesó a los novicios que, durante los seis años que llevaba meditando la vida de Cristo, se había puesto siempre en espíritu a los pies de Judas; pero que recientemente había caído en la cuenta de que Cristo había lavado los pies del traidor y por ese motivo ya no se sentía digno de acercarse ni siquiera a Judas.
Francisco no se dejó engañar por el mundo. Sabiéndose nada confió todo en Jesucristo y logró la santidad. Fue canonizado en 1671. En mayo de 1931, su cuerpo, venerado en la casa religiosa de Madrid, fue quemado en el incendio que causaron los revolucionarios.