Después de ser consagrado obispo, el celo que Agustín había demostrado desde su bautismo en acercar a sus antiguos correligionarios a la verdadera Iglesia tomó una forma más paternal, sin llegar a perder el prístino ardor -"dejad que se encolericen contra nosotros aquellos que desconocen cuán amargo es el precio de obtener la verdad… En cuanto a mí, os mostraría la misma indulgencia que mis hermanos mostraron conmigo cuando yo erraba ciego por vuestras doctrinas" (Contra Epistolam Fundamenti, III). Entre los acontecimientos más memorables ocurridos durante esta controversia, cuenta la gran victoria que en 404 obtuvo sobre Félix, uno de los "elegidos" de los maniqueos y gran doctor de la secta. Estaba propagando sus errores en Hipona, y Agustín le invitó a una conferencia pública cuyo tema necesariamente causaría un gran revuelo; Félix se declaró derrotado, abrazó la fe y, junto con Agustín, suscribió las actas de la conferencia. Agustín, en sus escritos, refutó sucesivamente a Mani (397), al famoso Fausto (400), a Secundino (405), y (alrededor de 415) a los fatalistas priscilianistas a quien Paulo Orosio había denunciado. Estos escritos contienen la opinión clara e incuestionable del santo sobre el eterno problema del mal, pensamiento basado en un optimismo que proclama, igual que los platónicos, que toda obra de Dios es buena y la única fuente del mal moral es la libertad de las criaturas (De Civitate Dei, XIX.13.2). Agustín defiende el libre albedrío, incluso en el hombre como es, con tal ardor que sus obras contra los maniqueos son una inagotable reserva de argumentos en esta controversia todavía en debate.
Los jansenistas han sostenido en vano que Agustín era inconscientemente pelagiano, y que después reconoció la pérdida de la libertad por el pecado de Adán. Los críticos modernos, sin duda desconocedores del complicado sistema del santo y de su peculiar terminología, han ido mucho más lejos. En la "Revue d'histoire et de littérature religieuses" (1899, p. 447), M. Margival muestra a San Agustín como la víctima del pesimismo metafísico absorbido inconscientemente de las doctrinas maniqueas. "Nunca" dice, "la idea oriental de la necesidad y la eternidad del mal, ha tenido un defensor más celoso que este obispo". Nada es más opuesto a los hechos.
Agustín reconoce que todavía no había comprendido cómo la primera inclinación buena de la voluntad es un don de Dios (Retractaciones, I, XXIII, n, 3); pero hay que recordar que nunca se retractó de sus principales teorías sobre el libre albedrío y nunca modificó su opinión sobre lo que constituye la condición esencial, es decir, la plena potestad de elegir o de decidir. ¿Quién se atrevería a decir que cuando revisó sus propios escritos le faltó claridad de percepción o sinceridad en un punto tan importante?