Clara, ante Francisco, se manifestaba débil y necesitaba consuelo y aliento pero en medio de sus hermanas era la madre revestida de fortaleza para defenderlas y protegerlas.
Federico II mantenía una guerra contra el Papa y lanzó a los Estados Pontificios arqueros mahometanos, sobre los que no tenían ningún poder las excomuniones del Papa. En 1230, desde la cima de la fortaleza de Nocera, a corta distancia de Asís, los sarracenos cayeron sobre el valle de Espoleto y fueron a embestir el convento de San Damián. La entrada de los musulmanes en el monasterio significaba para las monjas no solo la muerte, sino probablemente la violación. Todas, asustadas, se acogieron en torno a Clara, quien se encontraba postrada en la cama debido a una gravísima enfermedad. Ella se hizo trasladar a la puerta del convento, mandó que le trajeran el cáliz de plata en el que se reservaba el Santísimo Sacramento y cayó de rodillas delante de Él, pidiendo el amparo del cielo para sí y sus hijas. Cuenta la leyenda que del cáliz salió una voz como de un niño que le dijo: “Yo os guardaré siempre”,6 tras lo cual se alzó de la oración. En ese mismo instante los sarracenos levantaron el sitio del monasterio y se fueron a otra parte.
Cuatro años más tarde, en junio de 1234, un milagro parecido, las tropas de Federico, capitaneadas por Vital de Aversa,atacaban a la ciudad de Asís y querían destruirla. Santa Clara y sus monjas oraron con fe ante el Santísimo Sacramento y los atacantes se retiraron sin saber por qué. Este acontecimiento es celebrado siempre por los asisienses como fiesta nacional.
Otra muestra de su fortaleza se manifestó en la lucha que sostuvo por años con el papa Gregorio IX a trueque de sostener la integridad del voto de pobreza. El pontífice quería convencerla que aceptara algunos bienes para el convento, como lo hacían las demás órdenes religiosas. A tal punto llegó la disputa que el Papa llegó a decirle que si ella se creía ligada por su voto, él tenía el poder y la obligación de desatárselo, a lo que ella replicó: “Santísimo Padre, desatadme de mis pecados, mas no de la obligación de seguir a Nuestro Señor Jesucristo”. Sólo dos días antes de morir vino a obtener Clara, de Inocencio IV y a perpetuidad, el derecho de ser y permanecer siempre pobre.