Los esclavos hablaban diferentes dialectos y era difícil comunicarse con ellos. Para hacer frente a esta dificultad, el padre Claver organizó un grupo de intérpretes de varias nacionalidades, los instruyó haciéndolos catequistas. Mientras los esclavos estaban retenidos en Cartagena en espera de ser comprados y llevados a diversos lugares, el padre Claver los instruía y los bautizaba. Los reunía, se preocupaba por sus necesidades y los defendía de sus opresores. Esta labor de amor le causó grandes pruebas. Los esclavistas no eran sus únicos enemigos. El santo fue acusado de ser indiscreto por su celo por los esclavos y de haber profanado los Sacramentos al dárselos a criaturas que apenas tienen alma. Las mujeres de sociedad de Cartagena rehusaban entrar en las iglesias donde el padre Claver reunía a sus negros.
Sus superiores con frecuencia se dejaron llevar por las presiones que exigían se corrigiesen los excesos del padre Claver. Este sin embargo pudo continuar su obra entre muchas humillaciones y obstáculos. Hacia además penitencias rigurosas. Carecía de la comprensión y el apoyo de los hombres pero tenía una fuerza dada por Dios.
Muchos, aun entre los que se sentían molestos con la caridad del padre Claver, sabían que hacia la obra de Dios siendo un gran profeta del amor evangélico que no tiene fronteras ni color. Era conocido en toda Nueva Granada por sus milagros. Llegó a catequizar y bautizar a más de 300,000 negros.