Un año y medio más tarde, Teresa cayó enferma, y su padre la llevó a casa. La joven empezó a reflexionar seriamente sobre la vida religiosa que le atraía y le repugnaba a la vez. La obra que le permitió llegar a una decisión fue la colección de "Cartas" de San Jerónimo, cuyo fervoroso realismo encontró eco en el alma de Teresa. La joven dijo a su padre que quería hacerse religiosa, pero éste le respondió que tendría que esperar a que él muriese para ingresar en el convento. La santa, temiendo flaquear en su propósito, fue a ocultas a visitar a su amiga íntima, Juana Suárez, que era religiosa en el convento carmelita de la Encarnación, en Avila, con la intención de no volver, si Juana le dejaba quedarse, a pesar de la pena que le causaba contrariar la voluntad de su padre. "Recuerdo . . . que, al abandonar mi casa, pensaba que la tortura de la agonía y de la muerte no podía ser peor a la que experimentaba yo en aquel momento . . . El amor de Dios no era suficiente para ahogar en mí el amor que profesaba a mi padre y a mis amigos".
La santa determinó quedarse en el convento de la Encarnación. Tenía entonces veinte años. Su padre, al verla tan resuelta, cesó de oponerse a su vocación. Un año más tarde, Teresa hizo la profesión. Poco después, se agravó un mal que había comenzado a molestarla desde antes de profesar, y su padre la sacó del convento. La hermana Juana Suárez fue a hacer compañía a Teresa, quien se puso en manos de los médicos. Desgraciadamente, el tratamiento no hizo sino empeorar la enfermedad, probablemente una fiebre palúdica. Los médicos terminaron por darse por vencidos, y el estado de la enferma se agravó.
Teresa consiguió soportar aquella tribulación, gracias a que su tío Pedro, que era muy piadoso, le había regalado un librito del P. Francisco de Osuna, titulado: "El tercer alfabeto espiritual". Teresa siguió las instrucciones de la obrita y empezó a practicar la oración mental, aunque no hizo en ella muchos progresos por falta de un director espiritual experimentado. Finalmente, al cabo de tres años, Teresa recobró la salud.