Nada podía desanimar a Francisco. "Si no encuentro una barca- dijo en una ocasión- iré nadando". Al ver la apatía de los cristianos ante la necesidad de evangelizar comentó: "Si en esas islas hubiera minas de oro, los cristianos se precipitarían allá. Pero no hay sino almas para salvar". Deseaba contagiar a todos con su celo evangelizador.
El sufrimiento de los nativos a manos de los paganos y de los portugueses se convirtió en lo que él describía como "una espina que llevo constantemente en el corazón". En cierta ocasión, fue raptado un esclavo indio y el santo escribió: "¿Les gustaría a los portugueses que uno de los indios se llevase por la fuerza a un portugués al interior del país? Los indios tienen idénticos sentimientos que los portugueses". Poco tiempo después, San Francisco Javier extendió sus actividades a Travancore. Algunos autores han exagerado el éxito que tuvo ahí, pero es cierto que fue acogido con gran regocijo en todas las poblaciones y que bautizó a muchos de los habitantes. En seguida, escribió al P. Mansilhas que fuese a organizar la Iglesia entre los nuevos convertidos. En su tarea solía valerse el santo de los niños, a quienes seguramente divertía mucho repetir a otros lo que acababan de aprender de labios del misionero. Los badagas del norte cayeron sobre los cristianos de Comoín y Tuticorín, destrozaron las poblaciones, asesinaron a varios y se llevaron a otros muchos como esclavos. Ello entorpeció la obra misional del santo. Según se cuenta, en cierta ocasión, salió solo Javier al encuentro del enemigo, con el crucifijo en la mano, y le obligó a detenerse. Por otra parte, también los portugueses entorpecían la evangelización; así, por ejemplo, el comandante de la región estaba en tratos secretos con los badagas. A pesar de ello, cuando el propio comandante tuvo que salir huyendo, perseguido por los badagas, San Francisco Javier escribió inmediatamente al P. Mansilhas: "Os suplico, por el amor de Dios, que vayáis a prestarle auxilio sin demora". De no haber sido por los esfuerzos infatigables del santo, el enemigo hubiese exterminado a los paravas. Y hay que decir, en honor de esa tribu, que su firmeza en la fe católica resistió a todos los embates.
El reyezuelo de Jaffna (Ceilán del norte), al enterarse de los progresos que había hecho el cristianismo en Manar, mandó asesinar ahí a 600 cristianos. El gobernador, Martín de Sousa, organizó una expedición punitiva que debía partir de Negatapam. San Francisco Javier se dirigió a ese sitio; pero la expedición no llegó a partir, de suerte que el santo decidió emprender una peregrinación, a pie, al santuario del Apóstol Santo Tomás en Milapur, donde había una reducida colonia portuguesa a la que podía prestar sus servicios. Se cuentan muchas maravillas de los viajes de San Francisco Javier. Además de la conversión de numerosos pecadores públicos europeos, a los que se ganaba con su exquisita cortesía, se le atribuyen también otros milagros.