La santa estableció la más estricta clausura y el silencio casi perpetuo. El convento carecía de rentas y reinaba en él la mayor pobreza; Las religiosas vestían toscos hábitos, usaban sandalias en vez de zapatos (por ello se les llamó "descalzas") y estaban obligadas a la perpetua abstinencia de carne. Santa Teresa no admitió al principio más que a trece religiosas, pero más tarde, en los conventos que no vivían sólo de limosnas sino que poseían rentas, aceptó que hubiese veintiuna.
Teresa, la gran mística, no descuidaba las cosas prácticas sino que las atendía según era necesario. Sabía utilizar las cosas materiales para el servicio de Dios. En una ocasión dijo: "Teresa sin la gracia de Dios es una pobre mujer; con la gracia de Dios, una fuerza; con la gracia de Dios y mucho dinero, una potencia".
En 1567, el superior general de los carmelitas, Juan Bautista Rubio (Rossi), visitó el convento de Ávila y quedó encantado de la superiora y de su sabio gobierno; concedió a Santa Teresa plenos poderes para fundar otros conventos del mismo tipo (a pesar de que el de San José había sido fundado sin que él lo supiese) y aun la autorizó a fundar dos conventos de frailes reformados ("carmelitas contemplativos"), en Castilla.
Santa Teresa pasó cinco años con sus trece religiosas en el convento de san José, precediendo a sus hijas no sólo en la oración, sino también en los trabajos humildes, como la limpieza de la casa y el hilado. Acerca de esa época escribió: "Creo que fueron los años más tranquilos y apacibles de mi vida, pues disfruté entonces de la paz que tanto había deseado mi alma . . . Su Divina Majestad nos enviaba lo necesario para vivir sin que tuviésemos necesidad de pedirlo, y en las raras ocasiones en que nos veíamos en necesidad, el gozo de nuestras almas era todavía mayor".
La santa no se contenta con generalidades, sino que desciende a ejemplos menudos, como el de la religiosa que plantó horizontalmente un pepino por obediencia y la cañería que llevó al convento el agua de un pozo que, según los plomeros, era demasiado bajo.
En agosto de 1567, Santa Teresa se trasladó a Medina del Campo, donde fundó el segundo convento, a pesar de las múltiples dificultades que surgieron. A petición de la condesa de la Cerda se fundó un convento en Malagón. Después siguieron los de Valladolid y Toledo. Esta última fue una empresa especialmente difícil porque la santa sólo tenía cinco ducados al comenzar; pero, según escribía, "Teresa y cinco ducados no son nada; pero Dios, Teresa y cinco ducados bastan y sobran".
Una joven de Toledo, que gozaba de gran fama de virtud, pidió ser admitida en el convento y dijo a la fundadora que traería consigo su Biblia. Teresa exclamó: "¿Vuestra Biblia? ¡Dios nos guarde! No entréis en nuestro convento, porque nosotras somos unas pobres mujeres que sólo sabemos hilar y hacer lo que se nos dice". No es que la santa rechazare la Biblia, sino que supo descubrir que esta se habría convertido en un pretexto para faltar en humildad.