En 1545, el santo escribió desde Cochín al rey de Portugal, en la que le daba cuenta del estado de la misión. En ella habla del peligro en que estaban los neófitos de volver al paganismo, "escandalizados y desalentados por las injusticias y vejaciones que les imponen los propios oficiales de Vuestra Majestad... Cuando nuestro Señor llame a Vuestra Majestad a juicio, oirá tal vez Vuestra Majestad las palabras airadas del Señor: '¿Por qué no castigaste a aquellos de tus súbitos sobre los que tenías autoridad y que me hicieron la guerra en la India? ' ". El santo habla muy elogiosamente del vicario general en las Indias, Don Miguel Vaz, y ruega al rey que le envíe nuevamente con plenos poderes, una vez que éste haya rendido su informe en Lisboa. "Como espero morir en estas partes de la tierra y no volveré a ver a Vuestra Majestad en este mundo, ruégole que me ayude con sus oraciones para que nos encontremos en el otro, ciertamente estaremos más descansados que en éste". San Francisco Javier repite sus alabanzas sobre el vicario general en una carta al P. Simón Rodríguez, en donde habla todavía con mayor franqueza acerca de los europeos: "No titubean en hacer el mal, porque piensan que no puede ser malo lo que se hace sin dificultad y para su beneficio. Estoy aterrado ante el número de inflexiones nuevas que se dan aquí a la conjugación del verbo 'robar'"