En esos años tuvo la primera visita de la que habría de ser su asidua compañera: una enfermedad de fiebres colibacilares que le obligó a interrumpir sus estudios. Cuando se recuperó, su padre, en agradecimiento a lo que consideró una intervención especial de la santísima Virgen, a finales del verano de 1921 lo llevó a Zaragoza, donde lo consagró a la Virgen del Pilar.
Su familia se trasladó a Oviedo, y allí continuó sus estudios de bachillerato, en el colegio de los padres jesuitas y al terminar se matriculó en la Escuela superior de arquitectura de Madrid, donde supo unir el estudio con una ardiente y asidua vida de piedad; había introducido en su horario de estudio una larga visita diaria a "el Amo" en el oratorio de Caballero de Gracia, y participaba puntualmente en su turno de adoración nocturna.
De inteligencia brillante y ecléctica, Rafael tenía destacadas dotes para la amistad y buen trato. Poseía un carácter alegre y jovial; era deportista, rico en talento para el dibujo y la pintura; le gustaba la música y el teatro. A la vez que crecía en edad y desarrollaba su personalidad, crecía también en su experiencia espiritual de vida cristiana.
En su corazón bien dispuesto a escuchar Dios quiso suscitar la invitación a una consagración especial en la vida contemplativa. Había conocido la trapa de San Isidro de Dueñas y se sintió fuertemente atraído porque la percibió como el lugar que correspondía a sus íntimos deseos. Así, en diciembre de 1933 interrumpió sus cursos en la universidad, y el 16 de enero 1934 entró en el monasterio de San Isidro.
Después de los primeros meses de noviciado y la primera Cuaresma vividos con entusiasmo en medio de las austeridades de la trapa, de improviso Dios quiso probarlo misteriosamente con una penosa enfermedad: una aguda diabetes sacarina, que lo obligó a abandonar apresuradamente el monasterio y a regresar a casa de sus padres para ser cuidado adecuadamente.
Regresó a la trapa apenas restablecido, pero la enfermedad le obligó a abandonar varias veces el monasterio, donde volvió otras tantas veces para responder generosa y fielmente a la llamada de Dios.
Se santificó en la gozosa y heroica fidelidad a su vocación, en la aceptación amorosa de los planes de Dios y del misterio de la cruz, en la búsqueda apasionada del rostro de Dios; le fascinaba la contemplación de lo Absoluto; tenía una tierna filial devoción a la Virgen María —la "Señora" como le gustaba llamarla—. Falleció en la madrugada del 26 de abril de 1938, recién cumplidos los 27 años. Fue sepultado en el cementerio del monasterio, y después en la iglesia abacial.
Muy pronto su fama de santidad se extendió fuera de los muros del convento. Sus numerosos escritos ascéticos y místicos continúan difundiéndose con gran aceptación y para el bien de cuantos entran en contacto con él. Ha sido definido como uno de los más grandes místicos del siglo XX.
El 19 de agosto de 1989 el Papa Juan Pablo II, con ocasión de la Jornada mundial de la juventud en Santiago de Compostela, lo propuso como modelo para los jóvenes del mundo de hoy y el 27 de septiembre de 1992 lo proclamó beato.
Con su canonización el Papa Benedicto XVI lo presenta como amigo, ejemplo e intercesor a todos los fieles, sobre todo a los jóvenes.