Desde muy niño descubrió su vocación a la vida religiosa y el 21 de septiembre de 1884 ingresó como religioso en el convento español de los agustinos recoletos en Montegudo, Navarra. Al año siguiente hizo su profesión religiosa en el teologado de Marcilla. En 1870 viajó a Manila, Filipinas, donde se desempeñó como misionero. Al año siguiente fue ordenado sacerdote y destinado a Mindoro donde continuó sus actividades misioneras. Poco tiempo después se enfermó de paludismo y regresó a Manila.
Más tarde fue nombrado superior del convento de Monteagudo y vuelve a España para dedicarse a la formación de los futuros religiosos misioneros.
En 1888 viajó a Colombia al mando de un grupo de misioneros agustinos recoletos emprende. En este país empezó a reactivar las misiones y en 1893 fue nombrado obispo titular de Pinara y vicario apostólico de Casanare, en 1895 fue nombrado Obispo de Pasto. San Ezequiel desempeñó su nueva misión con la eficacia y generosidad que lo caracterizaban pero tuvo que superar numerosos obstáculos.
En 1905 se le diagnosticó cáncer y ante las reiteradas súplicas de los fieles y de los religiosos de su Orden, al año siguiente volvió a España para operarse. La operación no tuvo éxito y San Ezequiel, firme en su fe, se retiró al convento de Monteagudo, España, donde murió el 19 de agosto de 1906.
Su fama de santidad creció rápidamente, sobre todo en Colombia. Fue beatificado por el Papa Pablo VI en 1975 y el 11 de octubre de 1992 fue canonizado por el Papa Juan Pablo II . San Ezequiel Moreno es considerado como el especial intercesor ante Dios por los enfermos del cáncer y uno de los más grandes apóstoles de la Evangelización de América.