El templo iniciado en 1796 y consagrado por el Obispo de Mérida, Sr. Rafael Lasso de la Vega, en 1823, mide 79 metros de largo, 35 metros de ancho, y de alto 15,84 metros.
Consta de tres naves; las dos laterales se confunden en ábside tras el presbiterio, rodeándolo con una arcada muy elegante.
La nave central tiene diez columnas, cuatro compuestas y seis sencillas, que sostienen seis bóvedas con sus respectivos arcos torales. Las laterales tiene diecinueve bóvedas de arista que descansan sobre tres arcos de medio punto; diecinueve vitrales, correspondientes a las bóvedas, ostentan los misterios del rosario y otros motivos religiosos.
El contorno del templo esta levantado en retroplistras o parastades, y columnas embutidas y arcos que forman quince capillas. El altar del Santo Cristo, que está en el eje detrás del presbiterio, es de orden dórico; los otros, correspondiéndose frente a frente, son de orden jónico moderno, toscano, corintio, compuesto, jónico antiguo y dórico.
Cada una de las bóvedas está adornada con florones, festones y hojas de acanto, La que sirve de dosel al trono de Nuestra Señora está especialmente adornada con largos arabescos que van del centro hacia las columnas correspondientes.
La cúpula, de orden jónico moderno, sobre las cuatro arcas torales del crucero, consta de cimborrio circular, cúpula y linterna. Tiene de diámetro once metros y cuarenta de elevación. El cimborrio tiene ocho ventanales en arco y ocho entre paños. En el cornison, por la arte interior, está inscrito el estribillo tradicional de la novena de Nuestra Señora: “Pues sois de los pecadores el consuelo y la alegría: oh Madre clemente y pía, escuchad nuestros clamores”.
En las pechinas están, dentro de óvalos ricamente adornados, los evangelistas.
Las dos torres son esbeltas y cuadrangulares, distan entre si 26,90 metros. El atrio se eleva sobre la plaza cinco metros. Sus dos órdenes de escalinatas, son de piedra, y el plano terminado en baldosín. Hay tres puertas.
En el costado norte del templo esta la capilla de los difuntos.
El pavimento y la balaustrada del presbiterio son de mármoles italianos, de diversos colores; el de la Iglesia es de granito, lo mismo el de la sacristía.
Y describiendo tan grandioso templo, no se pude omitir que el Arquitecto que lo diseño, fue el Capuchino Valenciano Fray Domingo Pérez de Petres; inicio el templo en 1796 el P. José María Granados; lo continuo el P. Miguel Garnica, trabajo arduamente en la obra de 1801 a 1818. La ornamentación se debe al M. R. P. Fr Buenaventura García y Saavedra, al maestro Antonio Cortez Mesa y a los superiores de la comunidad, de un siglo para acá.
En 1896 un incendio destruyó la sacristía y gran parte del antiguo Convento, El Prior, Fray Pascual Cabello, en común acuerdo con el Provincial Fray Cipriano Sáenz de Buruaga, encargó los planos para la nueva sacristía al español Lorenzo Murat y a su socio Jenaro Bermúdez, chiquinquireño. La ejecución la realizó el maestro Antonio Cortés Mesa. Es cuadrilátera, 12,50 metros de lado y 8,50 de alto. En el centro va la columna de estilo jónico, con pedestal; de la columna arrancan cuatro arcos y bóvedas rebajadas, ornamentada con bocelones y florones. El entrodós de los arcos, con casetones adornados.
En los muros están los cuadros: del Señor Misericordioso, la Virgen de las Lajas, el Nuncio Apostólico D. Pablo Giobbe, el obispo de Mérida, D. Rafael Lasso de la Vega, el arquitecto Fray Domingo Buix de Petrés; los Padres Fray Miguel Garnica y Fray Buenaventura García; en el paso al templo: el arzobispo D. Fray Cristóbal de Torres, O.P. y el Presidente D. Sancho Girón. La sacristía se inauguró en diciembre de 1898
A petición del prior del santuario Fr. Salvador Ruiz, recomendada por el Nuncio apostólico D. Pablo Giobbe y por los prelados de Colombia, y apoyada en Roma por los cardenales Antonio Vico, Francisco Ragonesi y Enrique Gasparri, con 18 de Agosto de 1927 su Santidad Pio XI otorgó al santuario con el título de Basílica Menor.
Dando cumplimiento al decreto apostólico el 9 de Julio de 1928, en presencia del Nuncio Apostólico, del Arzobispo de Bogotá Don Ismael Perdomo, del presidente de la republica Dr. Miguel Abadía Méndez y de muchos otros personajes Eclesiásticos y Civiles.
El 29 de julio de 1967 a las 5,30 de la mañana un temblor dejó semidestruida la Basílica, la parte alta del frontis y las torres de la basílica quedaron en ruinas, lo mismo que el entejado central, el embovedado quedó agrietado, la cabeza de la estatua en piedra de Santo Domingo que estaba en la parte alta del frontis se vino a tierra.
La Imagen de Nuestra Señora fue trasladada del templo al día siguiente y llevada al patio del convento de los frailes dominicos donde siguió recibiendo el culto que le tributan los peregrinos.
El 9 de julio de 1969 en el aniversario 50 de la coronación y reconstruida la basílica, la imagen es llevada del patio del convento dominicano hacia el atrio donde se celebró la eucaristía. Allí se leyó el mensaje del Papa Pablo VI, se hizo la consagración oficial de Colombia a la Virgen. El obispo de Tunja Monseñor Ángel María Ocampo Berrío, y fray Alberto Madero, colocaron la Media Luna repujada en oro, a los pies de María, y la Imagen vuelve a ser colocada en su trono.
Para el año de 2007 se construye la nave de la reconciliación inaugurada el 19 de marzo de 2008.