En 1540, San Ignacio envió a Francisco Javier y a Simón Rodríguez a la India en la primera expedición misional de la Compañía de Jesús. Para embarcarse, Francisco Javier llegó a Lisboa hacia fines de junio. Inmediatamente, fue a reunirse con el P. Rodríguez, quien se ocupaba de asistir e instruir a los enfermos en el hospital donde vivía. Javier se hospedó también ahí y ambos solían salir a instruir y catequizar en la ciudad. Pasaban los domingos oyendo confesiones en la corte, pues el rey Juan III los tenía en gran estima. Esa fue la razón por la que el P. Rodríguez tuvo que quedarse en Lisboa. También San Francisco Javier se vio obligado a permanecer ahí ocho meses y, fue por entonces cuando escribió a San Ignacio: "El rey no está todavía decidido a enviarnos a la India, porque piensa que aquí podremos servir al Señor tan eficazmente como allí". Pero Dios tenía otros planes y Francisco Javier partió hacia las misiones el 7 de abril de 1541, cuando tenía 35 años, el rey le entregó un breve por el que el Papa le nombraba nuncio apostólico en el oriente. El monarca no pudo conseguir que aceptase más que un poco de ropa y algunos libros. Tampoco quiso Javier llevar consigo a ningún criado, alegando que "la mejor manera de alcanzar la verdadera dignidad es lavar los propios vestidos sin que nadie lo sepa". Con él partieron a la India el P. Pablo de Camerino, que era italiano, y Francisco Mansilhas, un portugués que aún no había recibido las órdenes sagradas. En una afectuosa carta de despedida que el santo escribió a San Ignacio, le decía a propósito de este último, que poseía "un bagaje de celo, virtud y sencillez, más que de ciencia extraordinaria".
Otros cuatro navíos completaban la flota. En el barco viajaba el gobernador de la India, Don Martín Alfonso Sousa y, además de la tripulación, había pasajeros, soldados, esclavos y convictos. Entre la tripulación y entre los pasajeros había gente de toda clase, de suerte que Javier tuvo que mediar en reyertas, combatir la blasfemia, el juego y otros desórdenes. Francisco se encargó de catequizar a todos. Los domingos predicaba al pie del palo mayor de la nave. Convirtió su camarote en enfermería y se dedicó a cuidar a todos los enfermos, a pesar de que, al principio del viaje, los mareos le hicieron sufrir mucho a él también. Pronto se desató a bordo una epidemia de escorbuto y sólo los misioneros se encargaban del cuidado de los enfermos. La expedición navegó meses para alcanzar el Cabo de Buena Esperanza en el extremo sur del continente africano y llegar a la isla de Mozambique, donde se detuvo durante el invierno; después siguió por la costa este del Afrecha oriental y se detuvo en Malindi y en Socotra. Por fin, la expedición llegó a Goa, el 6 de mayo de 1542 tardándoles el doble de lo normal. San Francisco Javier se estableció en el hospital hasta que llegaron sus compañeros, cuyo navío se había retrasado.