Por la señal de la Santa cruz, de nuestros enemigos, líbranos, Señor, Dios nuestro. En el nombre del Padre y del Hijo y del Espíritu Santo. Amén.
Acto de contrición
¡Señor mío, Jesucristo!
Dios y Hombre verdadero,
Creador, Padre y Redentor mío; por ser Vos quien sois, Bondad infinita,
y porque os amo sobre todas las cosas,
me pesa de todo corazón de haberos ofendido;
también me pesa porque podéis castigarme con las penas del infierno.
Ayudado de vuestra divina gracia
propongo firmemente nunca más pecar, confesarme y cumplir la penitencia que me fuere impuesta.
Amén.
Oración inicial para todos los días
Glorioso San Francisco de Borja, si es para gloria de Dios, honra tuya y bien de mi alma, alcánzame del Señor lo que te pido en esta novena y si no, encamina mi petición a Dios para que en mí y en todos se cumpla la divina voluntad. Amén.
Oración del tercer día
Dios y Señor de los Tronos, que hiciste trono de tu gracia a San Francisco de Borja en el estado del santo matrimonio, disponiendo que en Borja hicieran asiento muchas virtudes para ser ejemplo de ellas en todos los estados. Por los méritos de los Tronos y de este tu siervo, te suplico que mi alma descanse sólo en ti y sea trono de tu mayor gloria todos los días de mi vida. Amén.
(Aquí se dicen las intenciones de la novena o las peticiones y se reza tres Padre Nuestro, Ave María y Gloria).
Oración final para todos los días
Santísimo y amado padre San Francisco de Borja, grande por naturaleza en la tierra y mayor por tu humildad en el cielo, ejemplo de príncipes y señores, guía de sacerdotes y maestros, modelo de religiosos y prelados, celosísimo del bien de las almas y a quien Dios ha concedido especial gracia para desterrar las tercianas y otras enfermedades; para apaciguar los discordes, conservar el honor y recobrar buena fama; para aplacar los terremotos y librar de sus daños a tantos pueblos y ciudades que te invocan como su protector y patrono.
A ti acudo, padre mío, para que como tan amante de María Inmaculada y de Jesús Sacramentado, intercedas por mí, alcanzándome el perdón de mis pecados e imitación de tus virtudes, hasta gozar de Jesús y María por medio de una santa muerte, y que en vida logre la gracia que te pido por medio de esta novena, si ha de ser para gloria de Dios y tuya. Amén.
En el nombre del Padre y del Hijo y del Espíritu Santo. Amén.