Después de cuatro meses de viaje, el grupo de misioneros del que forma parte Comboni llega a Jartum, la capital de Sudán. El impacto con la realidad Africana es muy fuerte. Daniel se da cuenta en seguida de las dificultades que la nueva misión comporta. Fatigas, clima insoportable, enfermedades, muerte de numerosos y jóvenes compañeros misioneros, pobreza de la gente abandonada a sí misma, todo ello empuja a Comboni a ir hacia adelante y a no aflojar en la tarea que ha iniciado con tanto entusiasmo. Desde la misión de Santa Cruz escribe a sus padres: «Tendremos que fatigarnos, sudar, morir; pero al pensar que se suda y se muere por amor de Jesucristo y la salvación de las almas más abandonadas de este mundo, encuentro el consuelo necesario para no desistir en esta gran empresa».
Asistiendo a la muerte de un joven compañero misionero, Comboni no se desanima y se siente confirmado en la decisión de continuar su misión: «¡África o muerte!».
Cuando regresa a Italia, el recuerdo de África y de sus gentes empuja a Comboni a preparar una nueva estrategia misionera. En 1864, recogido en oración sobre la tumba de San Pedro en Roma, Daniel tiene una fulgurante intuición que lo lleva a elaborar su famoso «Plan para la regeneración de África», un proyecto misionero que puede resumirse en la expresión «Salvar África por medio de África», fruto de su ilimitada confianza en las capacidades humanas y religiosas de los pueblos africanos.