Daniel Comboni nace en Limone sul Garda (Brescia, Italia) el 15 de marzo de 1831, en una familia de campesinos al servicio de un rico señor de la zona. Su padre Luigi y su madre Doménica se sienten muy unidos a Daniel, que es el cuarto de ocho hijos, muertos casi todos ellos en edad temprana. Ellos tres forman una familia unida, de fe profunda y rica de valores humanos, pero pobre de medios materiales. La pobreza de la familia empuja a Daniel a dejar el pueblo para ir a la escuela a Verona, en el Instituto fundado por el sacerdote don Nicola Mazza para jóvenes prometedores pero sin recursos.
Durante estos años pasados en Verona Daniel descubre su vocación sacerdotal, cursa los estudios de filosofía y teología y, sobre todo, se abre a la misión de África Central, atraído por el testimonio de los primeros misioneros del Instituto Mazza que vuelven del continente africano. En 1854, Daniel Comboni es ordenado sacerdote y tres años después parte para la misión de África junto a otros cinco misioneros del Instituto Mazza, con la bendición de su madre Doménica que llega a decir: «Vete, Daniel, y que el Señor te bendiga».