Entró en el noviciado de Toulouse el 8 de diciembre 1616. Demostró tal fervor que uno de sus compañeros comenta: "Juan Francisco se humilla él mismo hasta el extremo, pero demuestra por los demás un aprecio admirable". Su compañero de habitación un día lo acusó ante su superior diciendo que pocas horas eran las que dormía y que se pasaba largos ratos rezando en la capilla, a lo que el Padre Rector respondió: "No le impidas sus devociones. No te opongas a sus comunicaciones con Dios. A mí me parece que este joven es un santo y que un día nuestra Comunidad celebrará una fiesta en su honor". Palabras que finalmente resultaron proféticas.
Se ordenó a los 33 años como sacerdote. Enseñó gramática en los colegios de Millau de 1619 a 1625, de Le Puy en Velay de 1625 a 1627 y Auch de 1627 a 1628, tras lo cual pasó largos años predicando entre los pobres en zonas controladas por los hugonotes, viviendo en el colegio jesuita de Montpellier. A este trabajo le dedicó tal energía que sus compañeros exclamaban: "Juan Francisco hace el oficio de 5 misioneros".
En 1634, se puso a disposición del obispo de Viviers le ayude en la visita a los pobres de la zona sur de la diócesis. Es en las escarpadas montañas de Boutières particularmente muestra sus cualidades como misionero. Atrae a la gente por su gran bondad y sus palabras sencillas. Su estilo de prédica era sencillo y directo, excelente para el entendimiento de los analfabetos. Sus sermones atraían a muchas personas, incluso a herejes; por lo que los oyentes comentaban: "Este padre no dice solamente lo que sabe, sino que parece que lo que está diciendo lo estuviera viendo". Un predicador de fama lo fue a escuchar y comentó: "El Padre Juan Francisco predica con extrema sencillez y convierte pecadores por millares y nosotros que predicamos con tanta elegancia, ¿a quién logramos convertir?". Otro de los testigos de su prédica cuenta: "Lo que a mí me admira es que un hombre de tan pobre presencia, con su sotana llena de remiendos, diciendo lo que todos dicen, sin adornos en su lenguaje, siendo a veces tan duro en su hablar, tiene tan grande inspiración divina que uno no es capaz de escucharle y seguir en paz con sus pecados".
Fue acusado por algunos Doctores ante el superior de los Jesuitas diciéndole que predicaba muy burdamente, que así deshonraba la dignidad de predicador. Ante estas acusaciones, el Superior Provincial fue a escucharlo y quedó profundamente impresionado, a lo que respondió a sus acusadores: "Ojalá quisiera Dios que todos los misioneros predicaran con toda unción como este sacerdote. El dedo de Dios está aquí. Si yo viviera en esta región, no me perdería ni un solo sermón de este padre".
Estableció refugios para prostitutas y trabajó con las víctimas de la plaga en Toulouse. Estableció la Confraternidad del Bendito Sacramento. Recaudaba dinero y comida de la gente próspera para dársela a los pobres.
En 1636, lo designaron en Le Puy en Velay. En el verano, trabaja en la ciudad, y durante el invierno se fue en una misión en las montañas.
Partir de diciembre de 1640, Padre Regis completando una misión en Monfaucon donde se encuentra la plaga. Él salió de la ciudad para bendecir y anunciando el fin de la epidemia. Él regresó en secreto por Le Puy en Velay. Durante tres días, es un retiro espiritual: "Interrumpí mi misión para prepararme para morir."
El 23 de diciembre 1640 se puso en camino con un muy mal tiempo. En el frío y la tormenta de nieve, el contrajo pleuresía. En la mañana del 24 de diciembre, se dirigió a la pequeña iglesia de La Louvesc y comienza su misión. Durante tres días de Navidad, trabajó incansablemente.
Miércoles, 26 de diciembre, después de la misa dicho a las dos de la tarde, él no puede ir al confesionario cuando parte del público es denso. Se encuentra cerca del altar y vuelve a confesar. Por la noche, se tambalea y cae. Fue llevado a la curación. Durante cinco días, que lucha contra la enfermedad.
El 31 de diciembre 1640, un poco antes de la medianoche, dijo al hermano Bideau "he estaba en mi peor momento." Y en seguida, "Oh mi hermano, veo a Nuestro Señor ya Nuestra Señora que me abrió el paraíso". Empezó a decir la palabra de Cristo que expira "Señor, en tus manos encomiendo mi espíritu." Después de haber terminado estas palabras, también acabó con su vida.
La devoción popular al Padre Juan Francisco Régis comenzó el día de su muerte. Fue uno de los más famosos misioneros de la Compañía de Jesús y el discípulo de San Francisco Javier a pesar de su ministerio se ejerce fuera de Francia.
San Juan María Vianney y San Marcelino Champagnat fueron grandes devotos suyos, y atribuyeron a su intercesión poder salvar los escollos que les dificultaban el ingreso al seminario.
Fue beatificado el 18 de mayo de 1716, y canonizado el 16 de junio de 1737.