Desde 1511 Juan de Ávila se sintió enfermo. Gastado en un ministerio duro, sintió fuertes molestias que le obligaron a residir definitivamente en Montilla desde 1554 hasta su muerte. Rehusó la habitación ofrecida en el palacio de la marquesa de Priego, y se retiró en una modesta casa propiedad de la marquesa. Su vida iba transcurriendo en la oración, la penitencia, la predicación (aunque no tan frecuente), las pláticas a los sacerdotes o novicios jesuitas, la confesión y dirección espiritual, el apostolado de la pluma.
Su enfermedad la ofreció para inmolarse por la Iglesia, a la que siempre había servido con desinterés. Cuando arreciaba más la enfermedad, oraba así: “Señor, habeos conmigo como el herrero: con una mano me tened, y con otra dadme con el martillo”.
Pero a Juan todavía le quedaban quince años de vida fructífera, que empleó avaramente en la extensión del Reino de Dios. El retiro de Montilla le dio la posibilidad de escribir con calma sus cartas, la edición definitiva del Audi, Filia, sus sermones y tratados, los Memoriales al Concilio de Trento, las Advertencias al Concilio de Toledo y otros escritos menores. Se puede decir que Juan de Ávila inicia con sus escritos la mística española del Siglo de oro. Si en otros períodos de su vida se podía calificar de predicador, misionero, fundador de colegios, ahora, en Montilla, se puede resumir su vida diciendo que era escritor.
El Audi, Filia, a pesar de todas las vicisitudes por las que pasó, y tras retocarlo de nuevo en Montilla, queriéndolo confrontar con las enseñanzas de Trento, fue publicado después de su muerte. El rey Felipe II lo apreció tanto que pidió no faltara nunca en El Escorial. El Card. Astorga, arzobispo de Toledo, diría que, con él, “había convertido más almas que letras tiene”. Prácticamente es el primer libro en lengua vulgar que expone el camino de perfección para todo fiel, aun el más humilde. El sentido de perfección cristiana es el sentido eclesial de desposorio de la Iglesia con Cristo. Éste y otros libros de Juan influyeron posteriormente en autores de espiritualidad.
Las cartas de Juan de Ávila llegaban a todos los rincones de España e incluso a Roma. De todas partes se le pedía consejo. Obispos, santos, personas de gobierno, sacerdotes, personas humildes, enfermos, religiosos y religiosas, eran los destinatarios más frecuentes. Las escribía de un tirón, sin tener tiempo para corregirlas. Llenas de doctrina sólida, pensadas intensamente, con un estilo vibrante.
No hay en todo el siglo XVI ningún autor de vida espiritual tan consultado como Juan de Ávila. Examinó la Vida de santa Teresa, se relacionó frecuentemente con san Ignacio de Loyola o con sus representantes, con san Francisco de Borja, san Juan de Dios, san Pedro de Alcántara, San Juan de Ribera, fray Luis de Granada.
A Juan de Ávila se le llama <<reformador>>, si bien sus escritos de reforma se ciñen a los Memoriales para el Concilio de Trento, escritos para el arzobispo de Granada, D. Pedro Guerrero, ya que Juan de Ávila no pudo acompañarle a Trento debido a su enfermedad, y a las Advertencias al Concilio de Toledo, escritas para el obispo de Córdoba, D. Cristóbal de Rojas, que habrían de presidir el Concilio de Toledo (1565), para aplicar los decretos tridentinos.
La doctrina de san Juan de Ávila sobre le sacerdocio quedó esquematizada en un Tratado sobre el sacerdocio, del que conocemos sólo una parte, pero una belleza y contenido extraordinarios, y que sirvió de pauta para sus pláticas y retiros a clérigos, y para que sus discípulos hicieran otro tanto donde no podía llegar ya el Maestro.
Este término aparece con frecuencia en las primeras biografías de nuestro santo, para referirse a sus discípulos. Todos ellos tienen un denominador común, a pesar de ministerios muy diversos y de encontrarse en lugares muy distantes: predicar el misterio de Cristo, enderezar las costumbres, renovación de la vida sacerdotal según los decretos conciliares, no buscar dignidades ni puestos elevados, vida intensa de oración y penitencia, paciencia en las contradicciones y persecuciones, sentido de Iglesia, enseñar la doctrina cristiana, dirección espiritual, etc. Los encontramos en los pueblecitos más alejados de pastores y agricultores como en las aldeas de Fuenteovejuna, como entre los consejeros de los grandes; en los colegios y universidades o en las costas de Andalucía; en las prelaturas o en las minas de Almadén.
El grupo sacerdotal de Juan de Ávila parece que se estructura en Granada hacia el año 1537, aunque ya antes se habían hecho discípulos suyos algunos sacerdotes de Sevilla, Écija y Córdoba. En Córdoba reunió a más de veinte en el Alcázar Viejo. Y fue allí donde dirigió un centro misional durante ocho o nueve años. La gran misión del mediodía español es una de las manifestaciones típicas de la escuela sacerdotal de Juan de Ávila.
La escuela sacerdotal de Juan de Ávila no se puede estudiar sino teniendo a la vista la relación con la Compañía de Jesús. Juan encaminó a muchos de sus discípulos a la Compañía, y hubo intentos de fusión, cesión de colegios, estudio conjunto, ayuda a los jesuitas, que en Salamanca encontraron muchas dificultades. Pero Juan de Ávila no entró en la Compañía. Éste era el gran deseo de san Ignacio, hasta el punto de afirmar que “o nosotros nos unamos a él o él a nosotros”. Pero la voluntad del Señor no era ésta, la enfermedad de Juan y los caminos del Señor lo impidieron. A pesar de ello, él fue enviando a sus mejores discípulos a la Compañía.
La escuela sacerdotal avilista ser refleja principalmente en su Maestro. El testimonio y la doctrina de Juan dejaron huella imborrable, como le iba dejando su sello personal que tenía dibujado el Santísimo Sacramento. En sus discípulos dejó impresa la ilusión por la vocación sacerdotal, el amor al sacerdocio, con los matices de la vida eucarística, vida litúrgica y de oración personal profunda, devoción al Espíritu Santo, a la Pasión del Señor, a la Virgen María, entrega total al servicio desinteresado de la Iglesia en la expansión del Reino y la predicación de la Palabra de Dios. Pero lo que consideraba esencial en todo aquel que quería ser buen sacerdote era la vida de oración, ya que en la caridad y en la oración era en los que según él habrían de consistir los exámenes de Órdenes.
En la Santa Misa centraba toda la evangelización y vida sacerdotal. La celebraba empleando largo tiempo, con lágrimas por sus pecados. Sobre la Eucaristía jamás le faltó materia para predicar, especialmente en la fiesta y octava del Corpus. “Trátalo bien, que es hijo de buen Padre”, dijo a un sacerdote de Montilla que celebraba con poca reverencia; la corrección tuvo como efecto conquistar un nuevo discípulo. Ya enfermo en Montilla, quiso ir a celebrar misa a una ermita; por el camino se sintió imposibilitado; el Señor, en figura de peregrino, se le apareció y le animó a llegar hasta la meta. Fue el gran apóstol de la comunión frecuente, a pesar de las contradicciones que se le siguieron. Prefería la presencia eucarística a la visita de los Santos Lugares.
Su virtud principal fue la caridad. Tenía un amor entrañable a la humanidad de Cristo: “el Verbo encarnado fue el libro y juntamente maestro”. Su Tratado del amor de Dios es una joya de la literatura teológica en lengua castellana. Su amor al prójimo fue la expresión del ministerio sacerdotal. Toda la obra de Juan de Ávila mira hacia la caridad cristiana. De ahí la preocupación por la educación cristiana y humana integral, la preocupación por los problemas sociales, por la reforma del estado seglar (como él decía), por la reforma del clero.
Una cruz grande de palo en su habitación de Montilla, la renuncia a las prebendas y obispados (el de Segovia y Granada), así como el capelo cardenalicio (ofrecido por Paulo III), son índice de la pobreza y humildad de quien “fue obrero sin estipendio..., y habiendo servido tanto a la Iglesia, no recibió de ella un real” (Lic. Muñoz). No renunció al episcopado por desprecio, sino por imitar al Señor y por sentirse indigno. Su amor a la pobreza no tiene otra motivación sino un amor profundo a Jesucristo. Asistía a los pobres. Vivía limpia y pobremente y no consiguieron cambiarle el manteo o la sotana ni aun con engaño.
Su humildad le llevó a ser un verdadero reformador. No pudieron sacarle ningún retrato. Su predicación iba siempre acompañada del catecismo a los niños; su método catequético tiene sumo valor en la historia de la pedagogía.
El celo por la extensión del Reino aparece en sus obras y palabras. Las cartas a los predicadores son pura llama de apóstol. No admitía que murmurasen de nadie. La castidad la veía en relación al sacerdocio, principalmente como ministro de la Eucaristía. La devoción a María la expresa continuamente y la aconseja a todo el mundo.
De todas sus virtudes, de su prudencia, consejo, discreción, etc., hablan sus biógrafos. Pero él conocía bien sus propios defectos y, por eso, pidió en las últimas horas de su vida que no le hablaran de cosas elevadas, sino que le dijeran lo que se dice a los que van a morir por sus delitos. A Juan de Ávila no le atraían propiamente las virtudes en sí mismas, sino el misterio de Cristo vivido y predicado.
Entregado al estudio continuo de las Escrituras y de otras materias eclesiásticas, gastando su vida en la oración, predicación y fundación de obras apostólicas y sociales, en la dirección de las almas y en la enseñanza del catecismo, en la formación de sacerdotes y futuros sacerdotes, Juan de Ávila es un maestro de apóstoles.
La figura personal y pastoral de Juan de Ávila encontró pronto eco en Italia con san Carlos Borromeo, y en Francia en la escuela sacerdotal francesa del siglo XVII. Pero su obra quedó, en parte, en la tiniebla en su aportación más profunda a la vida evangélica precisamente para el clero diocesano y la vida de perfección cristiana en las estructuras de todo el pueblo de Dios.