Gema había pedido a Jesús morir crucificada con El, y crucificada moriría. Como a las diez de la mañana doña Cecilia pensaba retirarse un poco y Gema le dijo: "No me dejes, mamá, mientras no esté clavada en la cruz, pues Jesús me ha dicho que tengo que morir crucificada como El". Momentos después entró en éxtasis profundo, extendió un poco sus brazos y, en esta posición permaneció hasta mediodía. Su semblante era mezcla de amor y dolor, de calma y desolación... ¡Agonizaba, como Jesús en la Cruz! Los presentes la contemplaban atónitos.
Era Viernes Santo, 10 de Abril de 1903.
A las ocho de la mañana del sábado, se le administró la Extremaunción (hoy día se le llama Unción de los Enfermos), a cuyo rito sagrado contestó con pleno conocimiento. A doña Cecilia que le habló del P. Germán le dijo: "Ya he ofrecido a Dios el sacrificio de todo y de todos, para prepararme a morir".
Tomó entonces el crucifijo en las manos y exclamó: "¡Jesús!... ¡En tus manos encomiendo mi pobre alma!"; y volviéndose a la imagen de María, añadió: "¡Mamá mía!, recomienda a Jesús mi pobre alma...Dile que tenga misericordia de mí".
De repente toda señal de agonía desapareció, y una sonrisa de cielo se dibujó en sus labios. Dos lágrimas corrieron de sus ojos. El párroco, que estaba presente exclamó: "Jamás he presenciado muerte semejante". Y él mismo puso sobre el pecho de Gema el escudo pasionista que llevó al sepulcro.
Muere Santa Gema a la 1:45 p.m. del Sábado Santo, 11 de Abril de 1903.
La profecía de Santa Gema se cumplió. Los pasionistas la rechazaron en vida, pero después de su muerte la tomaron para sí. El Señor que había acrisolado su corazón con el sufrimiento, también había pedido de ella el sacrificio de no entrar en ninguna orden religiosa y ella lo aceptó y lo ofreció al Señor, como todo lo demás.
Era necesaria una prueba irrefutable que revelara las intimidades del corazón de aquella criatura que había amado ardientemente a Jesús.
La prueba se tuvo cuando al fin, y Dios sabe con qué sacrificios, llegó el P. Germán a Lucca.
Ya habían pasado 14 días de la muerte de Santa Gema. El Padre anhelaba volver a ver aquel rostro lleno de dulzura. Pero quería sobre todo verificar los misterios de aquel corazón virginal cuyos secretos en vida nadie mejor que él había profundizado... "El 24 de Abril se procedió a exhumarlo. Se abrió el cuerpo y se extrajo el corazón, que apareció fresco, lozano, flexible, rubicundo, humedecido de sangre, igual que si estuviera vivo. Los especialistas que practicaban la autopsia quedaron maravillados. Estaba bastante achatado y dilatado por ambos lados, apareciendo como más ancho que alto. Al abrirlo fluyó enseguida la sangre, bañando el mármol donde se realizaba la intervención". Aquella que en muchas ocasiones le había pedido al Señor que le ensanchara el corazón para poder amarlo más, recibió esta gracia que tanto pedía. Su corazón se conserva en el convento Pasionista de Madrid.
El proceso para la canonización se abrió el 3 de Octubre de 1907, cuatro años después de su muerte; el Papa Benedicto XV dispensó el proceso de "fama de santidad", porque era conocida ya en todo el mundo.