Su salud empeoraba, y le sugirieron que le pidiera a la Beata Margarita María por el milagro de su sanación. Ella inició la novena al Sagrado Corazón varias veces pero su debilidad no le permitía continuarla. El día 23 de Febrero 1899, recomienza en serio la novena, y en la noche del día 1 al 2 de Marzo ocurre esto: Faltando algunos minutos para la media noche, Gemma escuchó el rozar de las cuentas de un rosario y sintió una mano que se le posó en la frente, la voz que escuchaba rezar le preguntó:
-¿Quieres curarte? -"Todo me da igual", le respondí. -Te curarás. Ruega con fervor al Sagrado Corazón... -"¿Y a la Beata Margarita?", pregunté. -"Añade en su honor tres veces el 'Gloria'". (La Beata Margarita es hoy Santa Margarita María)
"En el penúltimo día de la Novena quería recibir la Comunión, ya que terminaba en Primer Viernes del mes de marzo. Comulgué muy temprano. ¡Qué momentos tan deliciosos pasé con Jesús! El me repetía:- '¿Quieres curarte?'. No pude contestar por la emoción. ¡Pobre Jesús! La gracia había sido concedida. ¡Estaba curada!".
Al amanecer del 2 de marzo se levantó con sus propios pies y toda la familia al verla lloraba de alegría ante aquel milagro de Dios. Este milagro es la antesala de otras grandes gracias que Santa Gema recibiría durante su vida. Su amor por Cristo crucificado y su anhelo de ser solo para Jesús la llevarían a cada vez más a ofrecerse al Señor como víctima de amor.