Francisco era de carácter dócil y condescendiente. Le gustaba pasar el tiempo ayudando al necesitado. Todos lo reconocían como un muchacho sincero, justo, obediente y diligente.
Las palabras del Ángel en su tercera aparición: "Consolad a vuestro Dios", hicieron profunda impresión en el alma del pequeño pastorcito.
El deseaba consolar a Nuestro Señor y a la Virgen, que le había parecido estaban tan tristes.
Jacinta y Francisco siguieron su vida normal después de las apariciones. Lucia empezó a ir a la escuela tal como la Virgen se lo había pedido, y Jacinta y Francisco iban también para acompañarla. Cuando llegaban al colegio, pasaban primero por la Iglesia para saludar al Señor. Mas cuando era tiempo de empezar las clases, Francisco, conociendo que no habría de vivir mucho en la tierra, le decía a Lucia, "Vayan ustedes al colegio, yo me quedaré aquí con Jesús Escondido. ¿Qué provecho me hará aprender a leer si pronto estaré en el Cielo?" Dicho esto, Francisco se iba tan cerca como era posible del Tabernáculo.
Cuando Lucia y Jacinta regresaban por la tarde, encontraban a Francisco en el mismo lugar, en profunda oración y adoración.
De los tres niños, Francisco era el contemplativo y fue tal vez el que más se distinguió en su amor reparador a Jesús en la Eucaristía. Después de la comunión recibida de manos del Ángel, decía: "Yo sentía que Dios estaba en mi pero no sabía cómo era." En su vida se resalta la verdadera y apropiada devoción católica a los ángeles, a los santos y a María Santísima. Él quedó asombrado por la belleza y la bondad del ángel y de la Madre de Dios, pero él no se quedó ahí. Ello lo llevó a encontrarse con Jesús. Francisco quería ante todo consolar a Dios, tan ofendido por los pecados de la humanidad. Durante las apariciones, era esto lo que impresionó al joven.
Mas que nada Francisco quería ofrecer su vida para aliviar al Señor quien él había visto tan triste, tan ofendido. Incluso, sus ansias de ir al cielo fueron motivadas únicamente por el deseo de poder mejor consolar a Dios. Con firme propósito de hacer aquello que agradase a Dios, evitaba cualquier especie de pecado y con siete años de edad, comenzó a aproximarse, frecuentemente al Sacramento de la Penitencia.
Una vez Lucia le preguntó, "Francisco, ¿qué prefieres más, consolar al Señor o convertir a los pecadores?" Y él respondió: "Yo prefiero consolar al Señor. ¿No viste que triste estaba Nuestra Señora cuando nos dijo que los hombres no deben ofender más al Señor, que está ya tan ofendido? A mí me gustaría consolar al Señor y después, convertir a los pecadores para que ellos no ofendan más al Señor." Y siguió, "Pronto estaré en el cielo. Y cuando llegue, voy a consolar mucho a Nuestro Señor y a Nuestra Señora."
En su enfermedad, Francisco confió a su prima: "¿Nuestro Señor aún estará triste? Tengo tanta pena de que El este así. Le ofrezco cuanto sacrificio yo puedo."
En la víspera de su muerte se confesó y comulgó con los más santos sentimientos. Después de 5 meses de casi continuo sufrimiento, el 4 de abril de 1919, primer viernes, a las 10:00 a.m., murió santamente el consolador de Jesús.