No se conocen datos exactos sobre su vida, se dice que podría ser del pueblo de Olgossa en Darfur, y que 1869 podría ser el año de su nacimiento. Creció junto con sus padres, tres hermanos y dos hermanas, una de ellas su gemela.
La captura de su hermana por unos negreros que llegaron al pueblo de Olgossa, marcó mucho en el resto de la vida de Bakhita, tanto así que más adelante en su biografía escribiría: "Recuerdo cuánto lloró mamá y cuánto lloramos todos".
En su biografía Bakhita cuenta su propia experiencia al encontrarse con los buscadores de esclavos. "Cuando aproximadamente tenía nueve años, paseaba con una amiga por el campo y vimos de pronto aparecer a dos extranjeros, de los cuales uno le dijo a mi amiga: 'Deja a la niña pequeña ir al bosque a buscarme alguna fruta. Mientras, tú puedes continuar tu camino, te alcanzaremos dentro de poco'. El objetivo de ellos era capturarme, por lo que tenían que alejar a mi amiga para que no pudiera dar la alarma.
Sin sospechar nada obedecí, como siempre hacia. Cuando estaba en el bosque, me percate que las dos personas estaban detrás de mí, y fue cuando uno de ellos me agarró fuertemente y el otro sacó un cuchillo con el cual me amenazó diciéndome: 'Si gritas, morirás! Síguenos!'".
Los mismos secuestradores fueron quienes le pusieron Bakhita al ver su especial carisma.
Luego de ser capturada, Bakhita fue llevada a la ciudad de El Obeid, donde fue vendida a cinco distintos amos en el mercado de esclavos.
Nunca consiguió escapar, a pesar de intentarlo varias veces. Con quien más sufrió de humillaciones y torturas fue con su cuarto amo, cuando tenía más o menos 13 años. Fue tatuada, le realizaron 114 incisiones y para evitar infecciones le colocaron sal durante un mes. "Sentía que iba a morir en cualquier momento, en especial cuando me colocaban la sal", cuenta en su biografía.
El comerciante italiano Calixto Leganini compró a Bakhita por quinta vez en 1882, y fue así que por primera vez Bakhita era tratada bien.
"Esta vez fui realmente afortunada - escribe Bakhita - porque el nuevo patrón era un hombre bueno y me gustaba. No fui maltratada ni humillada, algo que me parecía completamente irreal, pudiendo llegar incluso a sentirme en paz y tranquilidad".
En 1884 Leganini se vio en la obligación de dejar Jartum, tras la llegada de tropas Mahdis. Bakhita se negó a dejar a su amo, y consiguió viajar con él y su amigo Augusto Michieli, a Italia.
La esposa de Michieli los esperaba en Italia, y sabiendo la llegado de varios esclavos, exigió uno, dándosele a Bakhita. Con su nueva familia, Bakhita trabajo de niñera y amiga de Minnina, hija de los Michieli.
En 1888 cuando la familia Michieli compró un hotel en Suakin y se trasladaron para allá, Bakhita decidió quedarse en Italia.
Bakhita y Minnina ingresaron al noviciado del Instituto de las Hermanas de la Caridad en Venecia, tras ser aconsejadas por las hermanas. Esta congregación fue fundada en 1808 con el nombre de Instituto de las Hermanas de la Caridad en Venecia, pero son más conocidas como Hermanas de Canossa.
Recién en el Instituto, Bakhita conoció al Dios de los cristianos y fue así como supo que "Dios había permanecido en su corazón" y le había dado fuerzas para poder soportar la esclavitud, "pero recién en ese momento sabía quién era". Recibió el bautismo, primera comunión y confirmación al mismo tiempo, el 9 de enero de 1890, por el Cardenal de Venecia. En este momento, tomó el nombre cristiano de Josefina Margarita Afortunada.
"¡Aquí llego a convertirme en una de las hijas de Dios!", fue lo que manifestó en el momento de ser bautizada, pues se dice que no sabía cómo expresar su gozo. Ella misma cuenta en su biografía que mientras estuvo en el Instituto conoció cada día más a Dios, "que me ha traído hasta aquí de esta extraña forma".
La Señora de Michieli volvió de Sudán a llevarse a Bakhita y a su hija, pero con un gran coraje, Bakhita se negó a ir y prefirió quedarse con las Hermanas de Canossa. La esclavitud era ilegal en Italia, por lo que la señora de Michieli no pudo forzar a Bakhita, y es así que permaneció en el Instituto y su vocación la llevó a convertirse en una de las Hermanas de la Orden el 7 de diciembre de 1893, a los 38 años de edad.
Fue trasladada a Venecia en 1902, para trabajar limpiando, cocinando y cuidando a los más pobres. Nunca realizó milagros ni fenómenos sobrenaturales, pero obtuvo la reputación de ser santa. Siempre fue modesta y humilde, mantuvo una fe firme en su interior y cumplió siempre sus obligaciones diarias.
Algo que le costó demasiado trabajo fue escribir su autobiografía en 1910, la cual fue publicada en 1930. En 1929 se le ordena ir a Venecia a contar la historia de su vida. Luego de la publicación de sus memorias, se convirtió en un gran personaje, viajando por todo Italia dando conferencias y recolectando dinero para la orden.
La salud de Bakhita se fue debilitando hacia sus últimos años y tuvo que postrarse a una silla de ruedas, la cual no le impidió seguir viajando, aunque todo ese tiempo fue de dolor y enfermedad. Se dice que le decía la enfermera: "¡Por favor, desatadme las cadenas… es demasiado!". Falleció el 8 de febrero de 1947 en Schio, siendo sus últimas palabras: "Madonna! Madonna!"
Miles de personas fueron a darle el último adiós, expresando así el respeto y admiración que sentían hacia ella. Fue velada por tres días, durante los cuales, cuenta la gente, sus articulaciones aún permanecían calientes y las madres cogían su mano para colocarla sobre la cabeza de sus hijos para que les otorgase la salvación. Su reputación como una santa se ha consolidado. Josefina ha sido recordada y respetada como Nostra Madre Moretta, en Schio.
Fue santificada por el pueblo, por lo que en 1959 la diócesis local comenzó las investigaciones para encontrarla venerable. Todo salió muy bien y fue así que el 1 de diciembre de 1978 fue declarada Venerable. Por tanto, el proceso para declararla santa empezó con gran auge y el 17 de mayo de 1992 fue beatificada por Juan Pablo II y se declaró día oficial de culto el 8 de febrero.
En la ceremonia de beatificación, el Santo Padre reconoció el gran hecho de que transmitiera el mensaje de reconciliación y misericordia.
Ella misma declaró un día: "Si volviese a encontrar a aquellos negreros que me raptaron y torturaron, me arrodillaría para besar sus manos porque, si no hubiese sucedido esto, ahora no sería cristiana y religiosa".
S.S. Juan Pablo II la canonizó el 1 de octubre del 2000. Lo cual, para los católicos africanos es un gran símbolo que era necesario, para que así los cristianos y las mujeres africanas sean honradas por lo que sufrieron en momentos de esclavitud.
Verdaderamente, Bakhita es la santa africana y la historia de su vida es la historia de un continente, válida para los católicos, protestantes, musulmanes o seguidores de cualquier otro tipo de religión tradicional. Su espiritualidad y fuerza la han convertido en Nuestra Hermana Universal, como la llamó el Papa.