Trataba a todos y cada uno de los sacerdotes con la más exquisita cortesía y amabilidad. Cada uno de ellos podía exclamar: "Lo aprecio porque tuvo tiempo para mí". Cada año les hacía dedicar unos diez días en silencio para hacer Retiros Espirituales. Siempre les advertía francamente los errores que debían corregir, pero las correcciones las hacía en privado y lejos de los demás. A un joven sacerdote que iba a comenzar a confesar y a dar dirección espiritual le dijo: "Mire hijo que usted es muy mozo, y su oficio es peligroso". Y es que él mismo recién ordenado de sacerdote tuvo sus peligros. Un día una joven penitente, con pretexto de que se iba a confesar, le declaró que estaba enamorada de él. Y Juan rechazó valientemente aquella trampa y después logró que aquella pobre pecadora se convirtiera.
En el colegio, en la Universidad y ahora como obispo, lo que lo libró siempre de caer en las trampas de la impureza fue practicar mucho la mortificación y el dedicar bastante tiempo a la oración. Se cumplía en su vida lo que dijo Jesús: "Ciertos malos espíritus sólo se alejan con la oración y la mortificación".
Le agradaba mucho dar clases de catecismo a los niños. El en persona los preparaba a la Primera Comunión. La gente veía con agrado al Arzobispo sentado en un taburete en la mitad del patio, rodeado de muchos niños, ensañándoles el catecismo. Les repartía dulces, monedas y otros regalitos a los que respondían mejor las preguntas del catecismo, y a los más pobres les regalaba el vestido de la Primera Comunión.
Para los jóvenes que tenían nobles ideas puso un colegio en su propia casa arzobispal, y allí los iba formando con todo esmero y muy buena disciplina. Del colegio de San Juan de Rivera salieron un cardenal, un Arzobispo, doce obispos, numerosos religiosos y muchos líderes católicos.
El rey lo nombró Virrey de Valencia, y así llegó a ser al mismo tiempo jefe religioso y jefe civil. Y la tranquilidad que en mucho tiempo no reinaba en aquella región, llegó como por encanto. El personalmente se preocupaba porque se administrara justicia con toda seriedad.
Una vez vino alguien a decirle que un juez le estaba haciendo injusticia en un pleito. El Sr. Arzobispo se fue donde el juez y le pidió que revisara todo el expediente. Y el inocente fue absuelto. Después el juez contaba: "un rico me había ofrecido dinero para que fallara en contra del inocente. Pero vino el Sr. Arzobispo y me convenció y me obligó a hacer justicia y logré que mi conciencia quedara en paz".
La Santa Misa la celebraba con tal devoción que al acólito le decía que después de la elevación podía retirarse, pues él duraba hasta dos horas en éxtasis allí ante Jesús Sacramentado, después de elevar la Santa Hostia.
Cansado de ver que la gente era muy indiferente para la religión le pidió al Papa que le quitara de aquel cargo, pero el Sumo Pontífice le pareció que él era el más indicado para ese arzobispado y le rogó que hiciera el sacrificio de seguir en ese sagrado oficio. Y así por 42 años estuvo de Arzobispo de Valencia obteniendo enormes frutos espirituales.
Murió en enero de 1611. Cuando se supo la noticia de su muerte, los niños recorrían las calles cantando: "El señor Arzobispo está en la gloria obteniendo el premio de sus victorias".
Durante los funerales, en el momento de la elevación de la Santa Hostia en la misa, los que estaban junto al cadáver vieron que abría los ojos y que el rostro se le volvía sonrosado por unos momentos, como adorando al Santísimo Sacramento.
El Papa San Pío Quinto lo llamaba "La lumbrera de todos los obispos españoles". Hizo muchos milagros. Fue beatificado en 1796 y fue declarado Santo por el Papa Juan XXIII en 1960.