Juan de Ribera estudió en la mejor universidad que existía en ese entonces en España, la Universidad de Salamanca, y allá tuvo de profesores a muy famosos doctores, como el Padre Vitoria. El Arzobispo de Granada escribió después: "Cuando don Juan de Rivera fue a Salamanca a estudiar yo era también estudiante allí pero en un curso superior y de mayor edad que él. Y pude constar que era un estudiante santo y que no se dejó contaminar con las malas costumbres de los malos estudiantes".
Cuando tenía unos pocos años de ser sacerdote y contaba solamente con 30 años de edad, el Papa Pío IV lo nombró obispo de Badajoz. Allí se dedicó con toda su alma a librar a los católicos de las malas enseñanzas de los protestantes. Organizó pequeños grupos de jóvenes catequistas que iban de barrio en barrio enseñando las verdades de nuestra religión y previniendo a las gentes contra los errores que enseñan los enemigos de la religión católica. San Juan de Ávila escribió: "Estoy contento porque Monseñor Rivera está enviando catequistas y predicadores a defender al pueblo de los errores de los protestantes, y él mismo les costea generosamente todos los gastos".
El joven obispo confesaba en las iglesias por horas y horas como un humilde párroco; cuando le pedían llevaba la comunión a los enfermos, y atendía cariñosamente a cuantos venían a su despacho. Pero sobre todo predicaba con gran entusiasmo. Los campesinos y obreros decían: "Vayamos a oír al santo apóstol".
En dos ocasiones vendió el mobiliario de su casa y toda la loza de su comedor para comprar alimentos y repartirlos entre la gente más pobre, en años de gran carestía.
El día en que partió de su diócesis en Badajoz para irse de obispo a otra ciudad, repartió entre los pobres todo el dinero que tenía y todos los regalos que le habían dado, y el mobiliario que su familia le había regalado.