Dos de años después, pasó a la universidad de Charles Ferdinand en Praga donde estudió teología. Cuando su preparación para el sacerdocio se completó en 1835, deseaba ordenarse pero el obispo decidió que no habría allí más ordenaciones. Nos resulta difícil imaginar hoy que Bohemia tuviera entonces demasiados sacerdotes. Juan escribió a los obispos del mundo, pero en todas partes la misma historia: ninguno quería ahora sacerdotes. Juan estaba seguro de su vocación al sacerdocio, pero todas las puertas parecían cerrársele.
Pero Juan no se arredró. Aprendió el inglés trabajando en una fábrica con obreros de lengua inglesa. De esta forma, pudo escribir a los obispos de Estados Unidos.
Finalmente, el obispo de Nueva York aceptó ordenarlo. Para responder a la llamada de Dios de ser sacerdote, Juan debió abandonar su familia para siempre y atravesar el océano para adentrarse en una tierra lejana y difícil.
En Nueva York, Juan fue uno de los 36 sacerdotes para 200.000 católicos. Su parroquia, al oeste de Nueva York, se extendía desde Ontario hasta Pensilvania. Su iglesia no tenía ni campanario ni estaba pavimentada, pero esto no importaba en absoluto ya que Juan pasaba la mayor parte de su tiempo visitando poblado tras poblado, escalando montañas, para visitar a los enfermos, para detenerse en las cabañas y en las tabernas a fin de enseñar y celebrar la misa en la mesa de la cocina.
Debido a su trabajo y a lo lejano de la parroquia, Juan soñaba con una comunidad: entró con los redentoristas, una Congregación de sacerdotes y hermanos que se dedicaban a ayudar a los pobres y a los más abandonados. Fue el primer sacerdote que entraba en la Congregación en América, profesó en Baltimore el 16 de enero de 1842. Desde el principio destacó por ser una persona altamente piadosa, por su evidente santidad, por su celo y por su amabilidad. Su conocimiento de seis idiomas modernos lo hizo particularmente apto para el trabajo en la sociedad Estadounidense de múltiples idiomas en el siglo diecinueve.
Después de trabajar en Baltimore y Pittsburgh, en 1847 fue nombrado Visitador o Superior Mayor de los redentoristas en los Estados Unidos. El Padre Frederick von Held, superior de la Provincia Belga, a la que pertenecían las casas Estadounidenses, dijo de él: "Es un gran hombre que combina la piedad con una personalidad fuerte y prudente". Necesitó estas que calidades durante los dos de años en que desempeñó el cargo, cuando la fundación estadounidense pasaba por un difícil período de ajuste.
Cuando dejó el cargo al Padre Bernard Hafkenscheid, los redentoristas de Estados Unidos estaban mejor preparados para llegar a ser una provincia autónoma, cosa que sucedió en 1850. El Padre Neumann fue nombrado Obispo de Filadelfia y consagrado en Baltimore el 2 de marzo de 1852. Su diócesis era muy grande y pasaba por un período de considerable desarrollo.
Como obispo, fue el primero en organizar un sistema diocesano de escuelas católicas.
Fundador de la educación católica en el país, las escuelas de su diócesis aumentaron de 2 un 100. Fundó las Hermanas de la Tercera Orden de San Francisco para enseñar en las escuelas.
Entre las más de ochenta iglesias que construyó durante su episcopado, debe mencionarse la catedral de los Santos Pedro y Pablo que él comenzó. San Juan Neumann era de estatura pequeña, nunca tuvo una salud robusta, pero en su corta vida tuvo una gran actividad. Encontró tiempo para una considerable actividad literaria además de sus obligaciones pastorales. Escribió asimismo numerosos artículos en revistas y periódicos católicos; publicó dos catecismos y, en 1849, una historia de la Biblia para escuelas. Continuó esta actividad justamente hasta el final de su vida.
El 5 de enero de 1860 (con 48 años de edad) se desplomó en la calle, en su ciudad episcopal y murió antes de que pudieran administrársele los últimos Sacramentos. Fue beatificado por el Papa Pablo VI el 13 de octubre de 1963 y canonizado por el mismo Papa sobre el 17 de junio de 1977. Su fiesta es cada 5 de enero.