Después de tres meses de sufrimientos muy agudos, el santo falleció el 14 de diciembre de 1591.
En su muerte no se había disipado todavía la tempestad que la ambición del P. Nicolás y el espíritu de venganza del P. Diego habían provocado contra él en la congregación de la que había sido cofundador y cuya vida había sido el primero en llevar.
La muerte del santo trajo consigo la revalorización de su vida y tanto el clero como los fieles acudieron en masa a sus funerales. Dios quiso que se despejaran las tinieblas y se vieses su vida auténtica para edificación de muchas almas. Sus restos fueron trasladados a Segovia, pues en dicho convento había sido superior por última vez.