La celda de San Juan tenía unos tres metros de largo por dos de ancho. La única ventana era tan pequeña y estaba tan alta, que el santo, para leer e1 oficio, tenía que ponerse de pie sobre un banquillo. Por orden de Jerónimo Tostado, vicario general de los carmelitas de España y consultor de la Inquisición, se le golpeó tan brutalmente, que conservó las cicatrices hasta la muerte. Lo que sufrió entonces San Juan coincide exactamente con las penas que describe Santa Teresa en la "Sexta Morada": insultos, calumnias, dolores físicos, angustia espiritual y tentaciones de ceder. Más tarde dijo: "No os extrañe que ame yo mucho el sufrimiento. Dios me dio una idea de su gran valor cuando estuve preso en Toledo".
Los primeros poemas de San Juan que son como una voz que clama en el desierto, reflejan su estado de ánimo:
En dónde te escondiste,
Amado, y me dejaste con gemido.
Como el ciervo huiste,
habiéndome herido;
salí tras ti clamando, y eras ido.
El prior Maldonado penetró la víspera de la Asunción en aquella celda que despedía un olor pestilente bajo el tórrido calor del verano y dio un puntapié al santo, que se hallaba recostado, para anunciarle su visita. San Juan le pidió perdón, pues la debilidad le había impedido levantarse en cuanto lo vio entrar. "Parecíais absorto. ¿En qué pensabais?", le dijo Maldonado.
"Pensaba yo en que mañana es fiesta de Nuestra Señora y sería una gran felicidad poder celebrar la misa", replicó Juan.
"No lo haréis mientras yo sea superior", repuso Maldonado.
En la noche del día de la Asunción, la Santísima Virgen se apareció a su afligido siervo, y le dijo: "Sé paciente, hijo mío; pronto terminará esta Prueba."
Algunos días más tarde se le apareció de nuevo y le mostró, en visión, una ventana que daba sobre el Tajo: "Por ahí saldrás y yo te ayudaré." En efecto, a los nueve meses de prisión, se concedió al santo la gracia de hacer unos minutos de ejercicio. Juan recorrió el edificio en busca de la ventana que había visto. En cuanto la hubo reconocido, volvió a su celda. Para entonces ya había comenzado a aflojar las bisagras de la puerta. Esa misma noche consiguió abrir la puerta y se descolgó por una cuerda que había fabricado con sábanas y vestidos. Los dos frailes que dormían cerca de la ventana no le vieron. Como la cuerda era demasiado corta, San Juan tuvo que dejarse caer a lo largo de la muralla hasta la orilla del río, aunque felizmente no se hizo daño. Inmediatamente, siguió a un perro que se metió en un patio. En esa forma consiguió escapar. Dadas las circunstancias, su fuga fue un milagro.